Dear Mark,<br><br>As you correctly pointed out, I had looked into those 
improper dihedral specifications several times before and it seems that 
they are properly mentioned in the .itp file. I<span style="background-color:rgb(255, 255, 102)"></span>
 have been using the topologies generated by PRODRG server for NADPH as i
 could not make it comply with the inbuilt residue template library 
topologies. In this topologies generated by PRODRG there is a directive 
called [ dihedrals ] and it listed out all the dihedrals with comment 
lines showing proper and improper dihedrals, but this seems to differ 
from the way the the topologies are defined in the gromacs inbuilt 
template library which only lists out the impropers. Does this make any 
difference in terms of grompp interpreting them during the 
preprocessing? I am herein pasting a section of that dihedrals and a 
snapshot of the NADPH molecule with the atom names labelled so that you 
can see that the impropers you mentioned in your reply are infact 
mentioned in the .itp file I am using.<br>
<br>The three improper dihedrals you have mentioned are highlighted 
below...please correct me in case if i am getting the meaning 
wrong..Sorry for flooding with long posts, but I am in a great need for 
some help on this.<br>
<br>[ dihedrals ]<br>; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...<br><span style="background-color:rgb(255, 255, 0)">   1   4   3   2   2      0.0  167.4        0.0  167.4   ; imp   NBS  CBQ  H8M  HBS   </span><br style="background-color:rgb(255, 255, 0)">

<span style="background-color:rgb(255, 255, 0)">   4   1   5   6   2      0.0  167.4        0.0  167.4   ; imp   CBQ  NBS  OBT  CAV   </span><br style="background-color:rgb(255, 255, 0)"><span style="background-color:rgb(255, 255, 0)">   6   4   9   7   2      0.0  167.4        0.0  167.4   ; imp   CAV  CBQ  CBE  CAN   </span><br>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 23, 2011 at 8:37 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: Alcohol Dehydrogenase MD simulation....Reg (Mark Abraham)<br>
   2. Re: Parameterization of a molecule containing a radical<br>
      (oxygen) (Justin A. Lemkul)<br>
   3. unit of surface tension, KJ/mol? (Elisabeth)<br>
   4. Re: unit of surface tension, KJ/mol? (Justin A. Lemkul)<br>
   5. Re: unit of surface tension, KJ/mol? (Elisabeth)<br>
   6. Re: unit of surface tension, KJ/mol? (Justin A. Lemkul)<br>
   7. Re: unit of surface tension, KJ/mol? (Elisabeth)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 23 Mar 2011 11:46:30 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Alcohol Dehydrogenase MD simulation....Reg<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D8942E6.8020104@anu.edu.au">4D8942E6.8020104@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 23/03/2011 4:38 AM, Kishore wrote:<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; I had been in the look out for someone who has a reasonable amount of<br>
&gt; expertise in dealing with the MD simulation of an Alcohol<br>
&gt; Dehydrogenase. I have a problem dealing with the NADPH. I was unable<br>
&gt; to maintain the planarity of the carboxamide of the nicotinamide<br>
&gt; moiety in the simulation as a result of which important sidechain<br>
&gt; hydrogen bonds are being lost in the simulation. Is such behaviour<br>
&gt; expected or is it because of the non quantum mechanical treatment of<br>
&gt; the NADPH molecule that these kind of situations occur? If anyone has<br>
&gt; some experience please share it.<br>
<br>
Classical MD simulations use improper dihedrals to maintain such<br>
planarity. You can see this in the amide links in a peptide backbone,<br>
for example. Each set of four co-planar atoms (three arranged around a<br>
central one) needs an improper dihedral. So you need H-N-C-H, N-C-O-Cr4<br>
and C-Cr4-Cr5-Cr3 (where the ring carbons are named Cr and numbered<br>
clockwise from N) in order for the carboxamide to stay coplanar with the<br>
aromatic ring<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 20:56:41 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Parameterization of a molecule containing a<br>
        radical (oxygen)<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D894549.80402@vt.edu">4D894549.80402@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Simone Cirri wrote:<br>
&gt; Hi all,<br>
&gt; I have a question regarding a new parameterization: actually, I&#39;m<br>
&gt; wondering whether or not it is possible to do it.<br>
&gt;<br>
&gt; The molecule is tempol; you cand find its PubChem entry<br>
&gt; here <a href="http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs" target="_blank">http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs</a><br>
&gt; &lt;<a href="http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs" target="_blank">http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs</a>&gt;<br>
&gt; As you can see, the problem of this molecule is its O radical; this, and<br>
&gt; the N belonging to the cycle too.<br>
&gt; My lab would really benefit from the parameterization (for the AMBER<br>
&gt; force field) of tempol, since we commonly use it in our NMR experiments.<br>
&gt; We don&#39;t know how to treat the oxygen radical and the N bound to it, though.<br>
&gt; If this parameterization is impossible to do we will give up, but we<br>
&gt; would like to be sure about it.<br>
&gt; Thanks in advance for any answer you could provide.<br>
&gt; &lt;<a href="http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs" target="_blank">http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/summary/summary.cgi?cid=137994&amp;loc=ec_rcs</a>&gt;<br>
<br>
This would not be a trivial molecule to parameterize.  You could start by using<br>
antechamber (available free as part of AmberTools), since it allows you to tune<br>
multiplicity (-m flag).  Otherwise, the existing force fields may not provide a<br>
suitable atom type for the O radical or its effects on the rest of the molecule.<br>
  I still don&#39;t know if parameterization would be possible for a standard MM<br>
force field (though it very well might), but this might get you started.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; --<br>
&gt;<br>
&gt; Simone Cirri<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 22:25:22 -0400<br>
From: Elisabeth &lt;<a href="mailto:katesedate@gmail.com">katesedate@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] unit of surface tension, KJ/mol?<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:AANLkTinmrO8APJhiM0Mef_uUvf604ge89gX9agZR3SbT@mail.gmail.com">AANLkTinmrO8APJhiM0Mef_uUvf604ge89gX9agZR3SbT@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I did two simulations on the same system using versions 4.0.7 and 4.5.3. It<br>
seems like the unit of surface tension is not the same in these versions<br>
because I am getting ~250 KJ/mol an in 4.0.7 and ~ 5000bar nm in 4.5.3?! How<br>
KJ/mol can be converted into bar nm? Can anyone help please.<br>
<br>
Thanks<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/53fb2f48/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/53fb2f48/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 22:31:12 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] unit of surface tension, KJ/mol?<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D895B70.7080604@vt.edu">4D895B70.7080604@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Elisabeth wrote:<br>
&gt; Hello,<br>
&gt;<br>
&gt; I did two simulations on the same system using versions 4.0.7 and 4.5.3.<br>
&gt; It seems like the unit of surface tension is not the same in these<br>
&gt; versions because I am getting ~250 KJ/mol an in 4.0.7 and ~ 5000bar nm<br>
&gt; in 4.5.3?! How KJ/mol can be converted into bar nm? Can anyone help please.<br>
&gt;<br>
<br>
Is this from g_energy output?  In past versions, everything was printed as<br>
&quot;kJ/mol,&quot; even quantities that obviously weren&#39;t, like temperature, pressure, etc.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
&gt; Thanks<br>
&gt;<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 22:44:04 -0400<br>
From: Elisabeth &lt;<a href="mailto:katesedate@gmail.com">katesedate@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] unit of surface tension, KJ/mol?<br>
To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>, Discussion list for GROMACS users<br>
        &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;AANLkTimqCrSrJMB3E1WzO2rYG=<a href="mailto:rVOhXVDSZEbLhvz4wu@mail.gmail.com">rVOhXVDSZEbLhvz4wu@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
On 22 March 2011 22:31, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Elisabeth wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; Hello,<br>
&gt;&gt;  I did two simulations on the same system using versions 4.0.7 and 4.5.3.<br>
&gt;&gt; It seems like the unit of surface tension is not the same in these versions<br>
&gt;&gt; because I am getting ~250 KJ/mol an in 4.0.7 and ~ 5000bar nm in 4.5.3?! How<br>
&gt;&gt; KJ/mol can be converted into bar nm? Can anyone help please.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; Is this from g_energy output?  In past versions, everything was printed as<br>
&gt; &quot;kJ/mol,&quot; even quantities that obviously weren&#39;t, like temperature,<br>
&gt; pressure, etc.<br>
&gt;<br>
<br>
Yes, so why are the results so different. I am using exactly the same mdp<br>
file.!<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;  Thanks<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/a179b5dc/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/a179b5dc/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 6<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 22:46:08 -0400<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] unit of surface tension, KJ/mol?<br>
To: &quot;Gromacs Users&#39; List&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4D895EF0.9090505@vt.edu">4D895EF0.9090505@vt.edu</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
<br>
<br>
Elisabeth wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 22 March 2011 22:31, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a><br>
&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Elisabeth wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;         Hello,<br>
&gt;          I did two simulations on the same system using versions 4.0.7<br>
&gt;         and 4.5.3. It seems like the unit of surface tension is not the<br>
&gt;         same in these versions because I am getting ~250 KJ/mol an in<br>
&gt;         4.0.7 and ~ 5000bar nm in 4.5.3?! How KJ/mol can be converted<br>
&gt;         into bar nm? Can anyone help please.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Is this from g_energy output?  In past versions, everything was<br>
&gt;     printed as &quot;kJ/mol,&quot; even quantities that obviously weren&#39;t, like<br>
&gt;     temperature, pressure, etc.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Yes, so why are the results so different. I am using exactly the same<br>
&gt; mdp file.!<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
Any pressure-related quantity is going to be subject to enormous fluctuations.<br>
This has been discussed within the last few days.  Without seeing the .mdp file<br>
and a description of the system, it&#39;s hard for anyone to comment on what the<br>
results might mean.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
--<br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 7<br>
Date: Tue, 22 Mar 2011 23:06:59 -0400<br>
From: Elisabeth &lt;<a href="mailto:katesedate@gmail.com">katesedate@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] unit of surface tension, KJ/mol?<br>
To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>, Discussion list for GROMACS users<br>
        &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:AANLkTim2ChGCp4ai_PwOPj19wHKkoaoyZhwSMQuGoO4b@mail.gmail.com">AANLkTim2ChGCp4ai_PwOPj19wHKkoaoyZhwSMQuGoO4b@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
On 22 March 2011 22:46, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Elisabeth wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 22 March 2011 22:31, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;    Elisabeth wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;        Hello,<br>
&gt;&gt;         I did two simulations on the same system using versions 4.0.7<br>
&gt;&gt;        and 4.5.3. It seems like the unit of surface tension is not the<br>
&gt;&gt;        same in these versions because I am getting ~250 KJ/mol an in<br>
&gt;&gt;        4.0.7 and ~ 5000bar nm in 4.5.3?! How KJ/mol can be converted<br>
&gt;&gt;        into bar nm? Can anyone help please.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;    Is this from g_energy output?  In past versions, everything was<br>
&gt;&gt;    printed as &quot;kJ/mol,&quot; even quantities that obviously weren&#39;t, like<br>
&gt;&gt;    temperature, pressure, etc.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Yes, so why are the results so different. I am using exactly the same mdp<br>
&gt;&gt; file.!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt; Any pressure-related quantity is going to be subject to enormous<br>
&gt; fluctuations. This has been discussed within the last few days.  Without<br>
&gt; seeing the .mdp file and a description of the system, it&#39;s hard for anyone<br>
&gt; to comment on what the results might mean.<br>
&gt;<br>
<br>
Thanks. I am working on a pure alkane system, in a box of 3X3X3 which is<br>
extended in Z to create liq/air interface. That is 3X3X6 . What could be<br>
reason for such a big difference in results from two version? Thanks alot!<br>
<br>
<br>
integrator          =  md<br>
dt                  =  0.002<br>
nsteps              =  1000000<br>
<br>
nstenergy           =  100<br>
nstxout             =  100<br>
nstlist             =  10<br>
ns_type             =  grid<br>
coulombtype         =  PME<br>
vdw-type            =  Shift<br>
rcoulomb-switch     =  0<br>
rvdw-switch         =  0<br>
rlist               =  1.1<br>
rcoulomb            =  1.1<br>
rvdw                =  1.0<br>
<br>
fourierspacing      =  0.12<br>
fourier_nx          =  0<br>
fourier_ny          =  0<br>
fourier_nz          =  0<br>
pme_order          =  4<br>
ewald_rtol          =  1e-5<br>
;optimize_fft      =  yes<br>
<br>
Tcoupl              =  v-rescale<br>
tc-grps             =  System<br>
tau_t               =  0.1<br>
ref_t               =  300<br>
<br>
pbc              =  xyz<br>
<br>
gen_vel             =  yes<br>
gen_temp            =  300.0<br>
gen_seed            =  173529<br>
<br>
constraints             = all-bonds<br>
constraint-algorithm = lincs<br>
<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; -Justin<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ========================================<br>
&gt;<br>
&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; Virginia Tech<br>
&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt;<br>
&gt; ========================================<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/7a687042/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20110322/7a687042/attachment.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 83, Issue 160<br>
******************************************<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>KRISHNA KISHORE@IIT-MADRAS<br>