Hi again,<br><br>I did not quite understand the suggestion.<br>I have successfully added Li+ ions in my simulation box using genion.<br>I am confused about how to place Li+ ions using editconf.<br><br>Will I have to create a .gro and .itp file and add it like a solute ?<br>
<br>Thanks,<br>Shivangi<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 28, 2011 at 3:26 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
shivangi nangia wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
I am a new gromacs user.<br>
<br>
I want to place Li+ ions at a required distance from the polypeptide ( which is at the centre of a box of water)<br>
<br>
I searched through the archive and the manual if there is a way/provision to do this, but could not.<br>
<br>
Is there a way?<br>
</blockquote>
<br></div>
Measure the distance you want and establish the coordinate at which you wish to place the ion, then use editconf -center to place it at the proper location in the simulation box.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Please guide.<br>
<br>
Thanks,<br>
Shivangi<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></blockquote></div><br>