<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 28/03/2011 8:45 PM, maria goranovic wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimXzpuGbpR77uXZ6yvCO9ihwgrxpBYmVhDqoTzK@mail.gmail.com"
      type="cite">That would mean that a new residue type will not be
      required? I just need the correct input D-coordinates? <br>
    </blockquote>
    <br>
    Try it, before asking about it :-) I said "I suspect you do not need
    to change anything about the topology", but I haven't actually done
    anything like this ever. Topologies and code shouldn't care about
    chirality, so you shouldn't need to do anything other than input the
    configuration you want.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimXzpuGbpR77uXZ6yvCO9ihwgrxpBYmVhDqoTzK@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">On Sat, Mar 26, 2011 at 2:02 AM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
            <div class="im"> On 26/03/2011 2:27 AM, maria goranovic
              wrote:
              <blockquote type="cite">Yes, that would be the correct way
                to do this. I was hoping to take a shorter route, and
                just modifying a couple of dihedrals in the topology
                files output by pdb2gmx without having to make a new
                residue. Is that not possible at all ?</blockquote>
              <br>
            </div>
            Unlike (say) AMBER's leap, pdb2gmx doesn't generate
            coordinates in a general sense. It generates a topology that
            matches given coordinates, fixing a few details as directed.
            It will fill valences with hydrogen atoms, generate terminal
            groups, organize disulfides, and choose protonation states
            of titratable residues, but it won't change geometries in
            the way you seem to want.<br>
            <br>
            Neither does anything in the .top/.itp files stipulate the
            chirality of any center (in all-atom models). Various
            dihedral angles change sign with chirality, but the dihedral
            functions are all symmetric about the y-axis (i.e. even). So
            I suspect you do not need to change anything about the
            topology. Just use a molecule builder to change the
            chirality of the relevant center in the input file to
            pdb2gmx.<br>
            <font color="#888888"> <br>
              Mark</font><br>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>