<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>I posted this question about SO42- in GROMACS two months ago, but I would like to double-check to confirm my MD results:<br>1. I used gromos53a6.ff force forced for SO42- ion. I have 4 "SO4" ions in the original pdb file.<br>2. When I changed the name "SO4" to "SO42-" in the pdb file as shown in the following line,<br>HETATM 1005&nbsp; S&nbsp;&nbsp; SO42- A 401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.925&nbsp; -3.428&nbsp;&nbsp; 6.383&nbsp; 1.00 35.88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S<br>HETATM 1006&nbsp; O1&nbsp; SO42- A 401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.709&nbsp; -4.359&nbsp;&nbsp; 7.275&nbsp; 1.00 37.19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1007&nbsp; O2&nbsp; SO42- A 401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.433&nbsp; -4.282&nbsp;&nbsp; 5.270&nbsp; 1.00
 37.40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1008&nbsp; O3&nbsp; SO42- A 401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.736&nbsp; -2.914&nbsp;&nbsp; 7.160&nbsp; 1.00 36.74&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1009&nbsp; O4&nbsp; SO42- A 401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.780&nbsp; -2.306&nbsp;&nbsp; 5.947&nbsp; 1.00 37.08&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1010&nbsp; S&nbsp;&nbsp; SO42- A 402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.214&nbsp; 15.738&nbsp;&nbsp; 8.260&nbsp; 1.00 39.60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S<br>HETATM 1011&nbsp; O1&nbsp; SO42- A 402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.149&nbsp; 15.021&nbsp;&nbsp; 9.051&nbsp; 1.00 39.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1012&nbsp; O2&nbsp; SO42- A 402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.462&nbsp; 14.907&nbsp;&nbsp; 7.944&nbsp; 1.00
 38.26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1013&nbsp; O3&nbsp; SO42- A 402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.685&nbsp; 16.282&nbsp;&nbsp; 6.925&nbsp; 1.00 39.20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1014&nbsp; O4&nbsp; SO42- A 402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.706&nbsp; 16.910&nbsp;&nbsp; 9.124&nbsp; 1.00 39.69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1015&nbsp; S&nbsp;&nbsp; SO42- A 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.187&nbsp;&nbsp; 9.439&nbsp; 32.376&nbsp; 1.00 60.41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S<br>HETATM 1016&nbsp; O1&nbsp; SO42- A 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.007&nbsp;&nbsp; 9.343&nbsp; 31.107&nbsp; 1.00 60.53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1017&nbsp; O2&nbsp; SO42- A 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.378&nbsp;&nbsp; 8.317&nbsp; 33.355&nbsp; 1.00
 60.26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1018&nbsp; O3&nbsp; SO42- A 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.624&nbsp; 10.704&nbsp; 33.093&nbsp; 1.00 60.93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>HETATM 1019&nbsp; O4&nbsp; SO42- A 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.736&nbsp;&nbsp; 9.578&nbsp; 31.991&nbsp; 1.00 60.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OM<br>and ran "pdb2gmx", instead of having 4 SO42- ions, I only got 1 SO42- ion in the .gro file as follows:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0SO42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S 1235&nbsp;&nbsp; 2.390&nbsp;&nbsp; 2.500&nbsp;&nbsp; 2.800<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0SO42&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1 1236&nbsp;&nbsp; 2.470&nbsp;&nbsp; 0.900&nbsp;&nbsp; 5.900<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0SO42&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2 1237&nbsp;&nbsp; 2.340&nbsp;&nbsp; 3.300&nbsp;&nbsp; 8.200<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0SO42&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3 1238&nbsp;&nbsp; 2.270&nbsp;&nbsp;
 3.600&nbsp;&nbsp; 1.400<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0SO42&nbsp;&nbsp;&nbsp; O4 1239&nbsp;&nbsp; 2.470&nbsp;&nbsp; 8.000&nbsp;&nbsp; 0.600<br>And these coordinates are wrong!!<br><br>3. However, when I used "SO42" in the pdb file, and ran pdb2gmx, I got all the 4 SO42 coordinates, and they are good, but the program gave the following warnings for the SO42 topology:<br>&nbsp;<br>WARNING: 'SO42' not found in residue topology database, trying to use 'SO42-'<br><br>FYI, I use 4.5.1 version. Did I do something wrong in the pdb file? Can I ignore the warning message in #3?<br><br>Thanks for you help in advance,<br><br>Simon Sham<br><br><br><br></td></tr></table><br>