Dear gromacs users,<br><br>I want to simulate small molecule - choline which is not neutral, it has uncompensated positive charge. When I transform mol2 file to pdb structure looks distorted (not correct) in VMD. I added with genion to the system a negative ions, but the pdb structure is still distorted. Please could you advice me on this?<br>
<br>best,<br>Olga<br>