<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Dear Friends, <br>Right now i am working on the docking of a small ligand to a receptor. in order to begin md simulations in gromacs, i need to create some files..<br><br>I have already docked my ligand to the receptor and i have those files:<br>&nbsp;&nbsp; - ligand_receptor.gro<br>&nbsp;&nbsp; - posre.itp (for only the receptor !!)<br>&nbsp;<br><br>I have 2 Questions:<br><br>1- How can i expand the posre.itp file to also include the ligand.data ? <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; that means how can i do to create a posre.itp-file for my ligand_receptor-komplex ?<br><br>2- I have 2 separate top-files: ligand.top (from the prodrg-server) and the receptor.top file. How can i "merge" the 2 files and obtain the file ligand_receptor.top for the whole ligand-receptor-komplex ?<br><br><br><br><br><br>Many thanx, please email-me on my adress:
 greendreams1983@yahoo.de<br><br>Yours. <br><br><br></td></tr></table><br>