<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 30/03/2011 9:21 PM, Terry wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=kDrm4Yy2NM7z6sDLm-ga61uzkt_z8=Tcg2bG0@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      Hi Mark,
      <div><br>
      </div>
      <div>The output is like this:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>WARNING: masses and atomic (Van der Waals) radii will be
          determined</div>
        <div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; based on residue and atom names. These numbers can
          deviate</div>
        <div>&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; from the correct mass and radius of the atom type.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>2565 out of 4931 atoms were classified as hydrophobic</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Back Off! I just backed up sas/4.area.xvg to
          sas/#4.area.xvg.1#</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Back Off! I just backed up sas/4.volume.xvg to
          sas/#4.volume.xvg.1#</div>
        <div>There were 372 inconsistent shifts. Check your topology</div>
        <div>There were 372 inconsistent shifts. Check your topology</div>
        <div>Segmentation fault</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a periodic molecule, so there are many "inconsistent
          shifts" lines which I ignored before.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I still don't understand why g_sas can work with the first
          three trjs but the last one in the same for loop.</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    It sounds like g_sas doesn't cope well with periodic molecules. You
    could try the trjconv pbc options, but they need not help you.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=kDrm4Yy2NM7z6sDLm-ga61uzkt_z8=Tcg2bG0@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>
        <div>Terry</div>
        <div><br>
        </div>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Wed, Mar 30, 2011 at 5:05 PM, Mark
          Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
            0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
            padding-left: 1ex;">
            <div>
              <div class="h5">On 30/03/2011 5:58 PM, Terry wrote:<br>
                <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt
                  0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
                  padding-left: 1ex;">
                  Hi, all,<br>
                  <br>
                  I have four trajectories which I want to analyze
                  Surface on. So I run<br>
                  <br>
                  for i in 1 2 3 4; do echo -e " non-Water \n Protein "
                  | g_sas -f $i.xtc -s $i.tpr -o $i.area.xvg -n
                  index.ndx -q $i.pdb ; done<br>
                  <br>
                  But the strange thing is, g_sas analyzed the first
                  three trajectories, but gave a "segmentation fault for
                  the last one.<br>
                  <br>
                  The only difference for these trjs is the number of
                  water molecules, hence the box size(I used NPT.) .
                  Then I doubt maybe the atom name I used can't be put
                  in pdb file (some of them are 5 letters long, and I
                  used gro file since the very beginning ). I deleted
                  the -q flag and run g_sas again, seg fault again.<br>
                  <br>
                  After searching, I did this:<br>
                  source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC<br>
                  Then g_sas worked fine( without the -q flag).<br>
                  <br>
                  But I've already sourced GMXRC.bash.<br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            You've either got some other installation of GROMACS that
            you were using, or you changed your input files, or
            something about the machine changed. Unfortunately
            "segmentation fault" is just a generic error. Some idea what
            the output said before that might clue people in as to why
            that happened.<br>
            <br>
            Mark<br>
            <font color="#888888">
              -- <br>
              gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a moz-do-not-send="true"
                href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
                target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
                target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
                target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </font></blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>