Dear users,<br><br>Before energy minimization step , I performed the preprosessing step using grompp  .<br>However, there are two note that :<br><br><b><u>NOTE 1 [file topol.top, line 52]:</u></b><br>  System has non-zero total charge: -1.500000e+01<br>

  <br><u><b>NOTE 2 [file topol.top]:</b></u><br>  The largest charge group contains 11 atoms.<br>  Since atoms only see each other when the centers of geometry of the charge<br>  groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge<br>

  groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>  For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.<br>  For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc.<br><b><br>PS: </b>TRS and EDO are not aminoacid<b><br>
<br><u>TRS.itp:</u></b><br>
..<br>[ moleculetype ]<br>; Name nrexcl<br>TRS      3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1        OA     1  TRS      O1     1   -0.119  15.9994   <br>     2         H     1  TRS     H13     1    0.032   1.0080   <br>

     3       CH2     1  TRS      C1     1    0.087  14.0270   <br>     4      CCl4     1  TRS       C     2    0.055  12.0110   <br>     5       CH2     1  TRS      C3     2    0.049  14.0270   <br>     6        OA     1  TRS      O3     2   -0.205  15.9994   <br>

     7         H     1  TRS     H33     2    0.019   1.0080   <br>     8        NL     1  TRS       N     2    0.206  14.0067   <br>     9         H     1  TRS      H2     2    0.004   1.0080   <br>    10         H     1  TRS      H3     2    0.004   1.0080   <br>

    11         H     1  TRS      H1     2    0.004   1.0080   <br>    12       CH2     1  TRS      C2     2    0.050  14.0270   <br>    13        OA     1  TRS      O2     2   -0.205  15.9994   <br>    14         H     1  TRS     H23     2    0.019   1.0080 <br>

...<br><br><u><b>EDO.itp</b></u><br>...<br>[ moleculetype ]<br>; Name nrexcl<br>EDO      3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111  15.9994   <br>

     2         H     1  EDO     HAE     1    0.031   1.0080   <br>     3       CH2     1  EDO     CAA     1    0.080  14.0270   <br>     4       CH2     1  EDO     CAC     1    0.080  14.0270   <br>     5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111  15.9994   <br>

     6         H     1  EDO     HAF     1    0.031   1.0080 <br>...<br><u><b><br>topol.top:</b></u><br>..<br>; Include water topology<br>#include &quot;gromos43a1.ff/spc.itp&quot;<br>#include &quot;TRS.itp&quot;<br>#include &quot;EDO.itp&quot;<br>
..<br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein_chain_A     1<br>Protein_chain_B     1<br>SOL               185<br>SOL               143<br>TRS                1<br>EDO                1<br>SOL             44125<br>
<b><u><br>Conf.gro:</u></b><br>MTA/SAH NUCLEOSIDASE; 5 NUCLEOSIDASE<br> 5354<br>    2GLN      N    1   1.458  -1.158   0.739<br>    2GLN     H1    2   1.520  -1.083   0.763<br>.......<br>  485HOH    HW1 5333   0.221  -3.864  -2.291<br>
  485HOH    HW2 5334   0.303  -3.946  -2.407<br>    1TRS  O1       1  -3.812  -0.471  -2.002<br>    1TRS  H13      2  -3.865  -0.443  -1.922<br>    1TRS  C1       3  -3.672  -0.469  -1.971<br>    1TRS  C        4  -3.635  -0.571  -1.863<br>
    1TRS  C3       5  -3.711  -0.547  -1.731<br>    1TRS  O3       6  -3.694  -0.414  -1.679<br>    1TRS  H33      7  -3.746  -0.404  -1.594<br>    1TRS  N        8  -3.673  -0.705  -1.911<br>    1TRS  H2       9  -3.625  -0.725  -1.996<br>
    1TRS  H3      10  -3.771  -0.707  -1.927<br>    1TRS  H1      11  -3.649  -0.774  -1.842<br>    1TRS  C2      12  -3.483  -0.573  -1.840<br>    1TRS  O2      13  -3.428  -0.445  -1.806<br>    1TRS  H23     14  -3.470  -0.412  -1.722<br>
    1EDO  OAB      1   0.307  -2.792   0.149<br>    1EDO  HAE      2   0.390  -2.826   0.104<br>    1EDO  CAA      3   0.239  -2.901   0.212<br>    1EDO  CAC      4   0.111  -2.851   0.281<br>    1EDO  OAD      5   0.144  -2.763   0.388<br>
    1EDO  HAF      6   0.060  -2.731   0.432<br>   8.13100   7.04165  13.54850   0.00000   0.00000  -4.06550   0.00000   0.00000   0.00000<br clear="all"><br>How can I fixed these notes(note 1 and note 2)?<br><br>Thanks in advance<br>
-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>