Dear All,<br>I am running MD simulations of an Alcohol Dehydrogenase ( a tetramer) with the bound NADPH in explicit solvent. I am employing GROMOS96 43a1 force field for the simulations. I need a clarification on the CUT-OFFs applicable for this force field. I have seen many people using <b>rvdw = 1.4</b> and<b> rcoulomb = 1.0 ( short range vander-waals and elctrostatics cut-offs) </b>in all the .mdp files. In the tutorial I am following (Justin Lemkul&#39;s - protein ligand complex)) he used <b>rvdw = 1.0</b> and <b>rcoulomb = 1.0</b> in case of energy minimisation and<b> rvdw = 1.4</b> and <b>rcoulomb = 0.9</b> in case of NVT/NPT equilibration and production MD run. So, someone please clarify me what the widely accepted values for these two would be. If at all I should use<b> rvdw = 1.4</b>, then should -d flag in editconf be atleast 1.4 or can it be less than that in the case of PBC conditions enabled.<br>
-- <br>KRISHNA KISHORE@IIT-MADRAS<br>