
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 31/03/2011 5:18 PM, ahmet y&#305;ld&#305;r&#305;m wrote:

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTinPb72XRj2Fd1snOjAqu3jS9MLy8DT3LBLVA0us@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear users,<br>

      <br>

      Before energy minimization step , I performed the preprosessing

      step using grompp .<br>

      However, there are two note that :<br>

      <br>

      <b><u>NOTE 1 [file topol.top, line 52]:</u></b><br>

      &nbsp; System has non-zero total charge: -1.500000e+01<br>

    </blockquote>

    <br>

    This is an integer. See

    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_notation#E_notation">http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_notation#E_notation</a> and

    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic">http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic</a>&nbsp; <br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTinPb72XRj2Fd1snOjAqu3jS9MLy8DT3LBLVA0us@mail.gmail.com"

      type="cite"><u><b>NOTE 2 [file topol.top]:</b></u><br>

      &nbsp; The largest charge group contains 11 atoms.<br>

      &nbsp; Since atoms only see each other when the centers of geometry of

      the charge<br>

      &nbsp; groups they belong to are within the cut-off distance, too large

      charge<br>

      &nbsp; groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>

      &nbsp; For efficiency and accuracy, charge group should consist of a

      few atoms.<br>

      &nbsp; For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2,

      CO, etc.<br>

    </blockquote>

    <br>

    See Tsjerk's email.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTinPb72XRj2Fd1snOjAqu3jS9MLy8DT3LBLVA0us@mail.gmail.com"

      type="cite"><b><br>

        PS: </b>TRS and EDO are not aminoacid<b><br>

        <br>

        <u>TRS.itp:</u></b><br>

      ..<br>

      [ moleculetype ]<br>

      ; Name nrexcl<br>

      TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

      <br>

      [ atoms ]<br>

      ;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.119&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.032&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.087&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CCl4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.055&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.049&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; -0.205&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.019&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.206&nbsp; 14.0067&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.050&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; -0.205&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.019&nbsp;&nbsp; 1.0080 <br>

      ...<br>

      <br>

      <u><b>EDO.itp</b></u><br>

      ...<br>

      [ moleculetype ]<br>

      ; Name nrexcl<br>

      EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

      <br>

      [ atoms ]<br>

      ;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.111&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.031&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.080&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.111&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.031&nbsp;&nbsp; 1.0080 <br>

      ...<br>

      <u><b><br>

          topol.top:</b></u><br>

      ..<br>

      ; Include water topology<br>

      #include "gromos43a1.ff/spc.itp"<br>

      #include "TRS.itp"<br>

      #include "EDO.itp"<br>

      ..<br>

      [ molecules ]<br>

      ; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>

      Protein_chain_A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      Protein_chain_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 185<br>

      SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 143<br>

      TRS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      EDO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44125<br>

      <b><u><br>

          Conf.gro:</u></b><br>

      MTA/SAH NUCLEOSIDASE; 5 NUCLEOSIDASE<br>

      &nbsp;5354<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2GLN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1.458&nbsp; -1.158&nbsp;&nbsp; 0.739<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2GLN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.520&nbsp; -1.083&nbsp;&nbsp; 0.763<br>

      .......<br>

      &nbsp; 485HOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1 5333&nbsp;&nbsp; 0.221&nbsp; -3.864&nbsp; -2.291<br>

      &nbsp; 485HOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2 5334&nbsp;&nbsp; 0.303&nbsp; -3.946&nbsp; -2.407<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; O1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; -3.812&nbsp; -0.471&nbsp; -2.002<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; -3.865&nbsp; -0.443&nbsp; -1.922<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; -3.672&nbsp; -0.469&nbsp; -1.971<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; -3.635&nbsp; -0.571&nbsp; -1.863<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; -3.711&nbsp; -0.547&nbsp; -1.731<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; O3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; -3.694&nbsp; -0.414&nbsp; -1.679<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; -3.746&nbsp; -0.404&nbsp; -1.594<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; -3.673&nbsp; -0.705&nbsp; -1.911<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; -3.625&nbsp; -0.725&nbsp; -1.996<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; -3.771&nbsp; -0.707&nbsp; -1.927<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; -3.649&nbsp; -0.774&nbsp; -1.842<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; -3.483&nbsp; -0.573&nbsp; -1.840<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; -3.428&nbsp; -0.445&nbsp; -1.806<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1TRS&nbsp; H23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; -3.470&nbsp; -0.412&nbsp; -1.722<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; OAB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.307&nbsp; -2.792&nbsp;&nbsp; 0.149<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; HAE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 0.390&nbsp; -2.826&nbsp;&nbsp; 0.104<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; CAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.239&nbsp; -2.901&nbsp;&nbsp; 0.212<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; CAC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 0.111&nbsp; -2.851&nbsp;&nbsp; 0.281<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; OAD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 0.144&nbsp; -2.763&nbsp;&nbsp; 0.388<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1EDO&nbsp; HAF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp; -2.731&nbsp;&nbsp; 0.432<br>

      &nbsp;&nbsp; 8.13100&nbsp;&nbsp; 7.04165&nbsp; 13.54850&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; -4.06550&nbsp;&nbsp;

      0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<br clear="all">

      <br>

      How can I fixed these notes(note 1 and note 2)?<br>

      <br>

      Thanks in advance<br>

      -- <br>

      Ahmet YILDIRIM<br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>