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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> anahita
[mailto:ana_j0000@yahoo.com] <br>
<b>Sent:</b> Friday, April 01, 2011 1:13 PM<br>
<b>To:</b> 'gmx-users-request@gromacs.org'<br>
<b>Subject:</b> protein split over boundary<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<p class=MsoNormal>Dear user,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hello, I appreciate if somebody help me. During the
simulation of my protein I didn&#8217;t get any error but after 1ns of MD<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>my molecule was split over boundary in cubic box. it means
some part of it enter the other side of the box.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>At first,For decreasing the cost of simulation, in
&#8220;editconf&#8221; command I set the number &#8220;d&#8221; on 0.9 &nbsp;to decease the box size. I
want to mention that during the calculation my rvdw is 1.4.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>I want to know instead of problem of visualization, the
other things is fine?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Best regards.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>A. johari<o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>