<br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Elisabeth wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear David,<br>
<br>
I followed your instructions and calculated Heat of vaporization of my alkane once with one molecule in gas phase (no cutoff) and once with equivalent number of molecules as in liquid phase as Justin suggested. Results are as follows:<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
To get heat of vaporization, you shouldn&#39;t be simulating just a single molecule in the gas phase, it should be an equivalent number of molecules as you have in the liquid phase.<br>
<br></blockquote><div>Hello David and Justin,<br><br>My explanation was not clear. Below 
is the results for liquid phase and for gas phase I tried two cases: one single molecule and the other time for equivalent number
 of molecules as in liquid phase and thats why results are very similar. ( However Justin says one single molecule is not correct. I think when cutoffs is set to zero only bonded terms are treated and even where there are many particles in gas phase to get energies per mole of molecules i.e g_energy -nmol XXX must be used so values should be colse to a single molecules case.. please correct me!  Anyway results for gas phase are close and this is not the issue now). <br>

<br>
Liquid phase:<br><br>
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>



-------------------------------------------------------------------------------<br>LJ (SR)                    -27.3083       0.01   0.296591 -0.0389173  (kJ/mol)<br>Coulomb (SR)                6.00527     0.0074   0.122878 0.00576827  (kJ/mol)<br>




Coul. recip.                5.59559     0.0032  0.0557413 0.00316957  (kJ/mol)<br>Potential                   <b>34.6779  </b>    0.025    1.03468   -0.11177  (kJ/mol)<br>Total Energy                86.4044      0.026    1.44353  -0.112587  (kJ/mol)<br>
<br><br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
*one single molecule in gas phase*<div class="im"><br>
<br>
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>
LJ (SR)                    -2.24473      0.073      1.292   0.342696  (kJ/mol)<br>
Coulomb (SR)                11.5723       0.55    2.17577   -2.33224  (kJ/mol)<br>
Potential                  *  59.244 *      0.94    10.9756    6.35631  (kJ/mol)<br>
Total Energy                106.647          1    15.4828    6.78792  (kJ/mol)<br>
<br>
*equivalent number of molecules as in liquid* ( large box 20 nm)<br>
<br>
Statistics over 1000001 steps [ 0.0000 through 2000.0000 ps ], 4 data sets<br>
All statistics are over 100001 points<br>
<br>
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br>
-------------------------------------------------------------------------------<br>
LJ (SR)                    -2.16367      0.053   0.171542   0.374027  (kJ/mol)<br>
Coulomb (SR)                11.2894       0.23    0.49105   -1.44437  (kJ/mol)<br>
Potential                 *  63.2369    *    1.1    2.47211    7.69756  (kJ/mol)<br>
Total Energy                114.337        1.1    2.65547    7.72258  (kJ/mol)<br>
<br>
<br>
 Since pbc is set to NO molecules leave the box and I dont know if this all right. I hope the difference is acceptable...!<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
For &quot;pbc = no&quot; there is no box.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
0- I am going to do the same calculation but for some polymers solvated in the alkane. For binary system do I need to look at nonboded terms? and then run a simulation for a single polymer in vacuum?<br>
<br>
Can you please provide me with a recipe for Delta Hvap of the solute in a solvent?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The method for calculating heat of vaporization is not dependent upon the contents of the system; it is a fundamental thermodynamic definition.  Heat of vaporization is not something that can be calculated from a solute in a solvent.  You can calculate DHvap for a particular system, but not some subset of that system.<div class="im">
<br>
Thanks Justin. I am interested in the energy required to vaporize the solute in a particular solvent not the whole DHvap of the mixture. do you think this can be achieved by calculating nonbonded energies between solute and solvent? ( defining energy groups ..)<br>
</div></blockquote><div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
1- If I want to look at nonboded interactions only, do I have to add  Coul. recip.  to [ LJ (SR)  + Coulomb (SR) ] ?<br>
<br>

</blockquote>
<br></div>
The PME-related terms contain both solute-solvent, solvent-solvent, and potentially solute-solute terms (depending on the size and nature of the solute), so trying to interpret this term in some pairwise fashion is an exercise in futility.<br>

<br>
What you mean is when one uses PME interaction energies between components can not be decomposed? So the energy groups I defined to extract nonbonded energies are not giving correct values? Sofar I have been defining energy groups to calculate nonbonded terms between components _A-A A_B... I hope I have not been doing thing wrongly! <br>
</blockquote><div><br>Please help me out! <br><br>Thanks, <br></div></div><br>