<pre>Dear Mark,<br><br>about point 2, yes I need to have <br>a uniform distribution of a defined number<pre>of water molecule (eg. 100 water molecule ) into my box.<br>Is it possible with genbox?<br><br>After, I'll have to make the md simulation for my<br>system in implicit solvent<br>(I'll have  "protein + 100 molecule SOL + implicit solvent")<br><br>So my next problem is to set the parameter into mdp file, for this mixed type of kind of water.<br><br>Thanks for your reply<br><br>Anna<br></pre><br><br><br><br>&gt;&gt;&gt;<i> Dear all,<br></i>&gt;&gt;<i><br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> I got some question about the implicit solvent.<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> 1)  In gromacs, is it possible simulate a protein in a layer  of <br></i>&gt;<i> explicit water, and put this system (protein + SOL) into a big box and <br></i>&gt;<i> make the MD simulation with implicit solvent?<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> How I have to set the md.mdp parameter  (; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM) <br></i>&gt;<i> in this case?<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> Do you know some tutorial about this method?<br></i>&gt;<i><br></i><br>It can't work as simply as that, because the waters on the edge will fly <br>off into the implicit solvent region. People have tried various things - <br>check out the literature.<br><br>&gt;<i> 2) I'd like to put into my box a definied number of explicit number of <br></i>&gt;<i> molecule of water eg. 100, so<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> I used<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> genbox -cp conf.gro -cs -maxsol 100  -p topol.top -o out.gro<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> but the water molecule is not in the random position in the box, but <br></i>&gt;<i> is in clustered conformation.<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> Is it possible tell to genbox to put in a random way, in all space the <br></i>&gt;<i> defined number of molecule?<br></i>&gt;<i><br></i><br>What do you actually want - a uniform gas of a given density?<br><br>&gt;<i> 3) For that system (100 explicit solvent molecule + implicit solvent) <br></i>&gt;<i> I generated the topol.tpr using the following set up into the mdp file:<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> ; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM<br></i>&gt;<i> implicit_solvent         = GBSA<br></i>&gt;<i> ;GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS;<br></i>&gt;<i> ;Algorithm for calculating Born radii<br></i>&gt;<i> gb_algorithm             = Still<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> grompp do not give problem at all,  but mdrun give problem:<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> segmantation fault or<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> Norm of force     =            nan<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> I think that the problem is the use of explicit water molecule and the <br></i>&gt;<i> implcit water together.<br></i>&gt;<i><br></i><br>Maybe. We haven't got enough information to know.<br><br>Mark<br></pre>