<p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">Dear all,</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">I got some question about the implicit solvent.</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">1)&nbsp; In gromacs, is it possible simulate a protein in a layer&nbsp; of explicit water, and put this system (protein + SOL) into a big box and make the MD simulation with implicit solvent? </p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">How I have to set the md.mdp parameter&nbsp; (; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM) in this case?</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">Do you know some tutorial about this method?<br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">2) I'd like to put into my box a definied number of explicit number of molecule of water eg. 100, so</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">I used</p><pre>genbox -cp conf.gro -cs -maxsol 100  -p topol.top -o out.gro<br><br><br></pre><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">but the water molecule is not in the random position in the box, but is in clustered conformation.</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">Is it possible tell to genbox to put in a random way, in all space the defined number of molecule?</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">3) For that system (100 explicit solvent molecule + implicit solvent) I generated the topol.tpr using the following set up into the mdp file:<br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><pre>; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM<br>implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = GBSA<br>;GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS;<br>;Algorithm for calculating Born radii<br>gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still</pre><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">grompp do not give problem at all,&nbsp; but mdrun give problem:</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;" mce_style="margin: 0px; padding: 0px;">segmantation fault or&nbsp;&nbsp; </p><pre>Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan</pre><p style="margin: 0px; padding: 0px;">I think that the problem is the use of explicit water molecule and the implcit water together.<br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;">Can you help me?</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;">All the best</p><p style="margin: 0px; padding: 0px;"><br></p><p style="margin: 0px; padding: 0px;">Anna<br></p>