Dear Mark<br><br>Thank you for your important notes,I didn&#39;t know them.<br><br>Then,Can it  be resulted from your sentences , there is not any way for doing simulation with only some parts of  a protein?<br>What can I do if I need simulating only ACTIVE SITE of a protein?Do I have to simulate the whole of protein?<br>
Thanks in advance<br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 5, 2011 at 11:58 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="im">On 5/04/2011 5:09 PM, mohsen ramezanpour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Mark<br>
<br>
Actually I don&#39;t know why.<br>
I just did the normal process as other my simulations.<br>
<br>
Let me discribe my work in details:<br>
I had a protein and a drug,I separated all residues around my drug (2 nm in radius) by PYMOL<br>
</blockquote>
<br></div>
You can&#39;t do that and hope for sensible results. The protein won&#39;t be happy if you expose its hydrophilic core to either a box of solvent or vacuum or implicit solvent.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Then I saved the result as protein-new.pdb<br>
So.I used pdb2gmx to generate .top and .gro file for this .pdb file<br>
</blockquote>
<br></div>
pdb2gmx assumes you&#39;re giving it reasonable input - i.e. no missing residues in the protein. However, you&#39;ve generated several chunks of missing residues above. pdb2gmx assumes there&#39;s a backbone peptide bond as normal, and this is too long. One can work around this issue, but still be crippled by the first problem.<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I entered the following commands for pdb2gmx:<br>
pdb2gmx  -f  protein-new.pdb  -o  protein-new.gro   -p   topology.top  -water  spc  -ignh<br>
and I used Gromos 43a1 force field.<br>
<br>
when I want to do EM there are an additional error that  results in crashing the mdrun:<br>
Warning: 1-4 interaction ...  your system is exploding<br>
<br>
it says modifying interaction tables!<br>
<br>
Besides,I checked my pdb file,atoms 922 and 943 and 2 others who have bad interactions,all of them are N atom of residues!<br>
</blockquote>
<br></div>
Yep, pdb2gmx has generated backbone peptide bonds that aren&#39;t sensible.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Mark<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>