<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-9"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 5/04/2011 9:59 PM, ahmet yżldżrżm wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTi=FZcNJYKMBFfu8=QYpRSD9Ux_LxQ@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Mark,<br>
      <br>
      Now, are the files correct?<br>
    </blockquote>
    <br>
    They're well-formed, but you've not taken Tsjerk's advice and
    arranged for (COH)3(NH3+)C to have charges consistent with its
    symmetry. When people donate their time to you, please use it or
    demonstrate why you shouldn't :-)<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTi=FZcNJYKMBFfu8=QYpRSD9Ux_LxQ@mail.gmail.com"
      type="cite"><b>EDO.itp</b>:<br>
      [ moleculetype ]<br>
      ; Name nrexcl<br>
      EDO      3<br>
      <br>
      [ atoms ]<br>
      ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>
           1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111  15.9994   <br>
           2         H       1  EDO     HAE     1    0.031   1.0080   <br>
           3       CH2     1  EDO     CAA     1    0.080  14.0270   <br>
           4       CH2     1  EDO     CAC     <b>2</b>    0.080 
      14.0270   <br>
           5        OA     1  EDO     OAD     <b>2</b>   -0.111 
      15.9994   <br>
           6         H       1  EDO     HAF     <b>2 </b>   0.031  
      1.0080  <br>
      <br>
      <b>TRS.itp:</b><br>
      [ moleculetype ]<br>
      ; Name nrexcl<br>
      TRS      3<br>
      <br>
      [ atoms ]<br>
      ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>
           1        OA     1  TRS      O1     1   -0.119  15.9994   <br>
           2         H     1  TRS      H13     1    0.032   1.0080   <br>
           3       CH2     1  TRS      C1     1    0.087  14.0270   <br>
           4      CCl4     1  TRS        C     <b>3</b>    0.055 
      12.0110   <br>
           5       CH2     1  TRS      C3    <b> 4 </b>   0.049 
      14.0270   <br>
           6        OA     1  TRS      O3     <b>4</b>   -0.205 
      15.9994   <br>
           7         H     1  TRS      H33    <b> 4</b>    0.019  
      1.0080   <br>
           8        NL     1  TRS         N    <b> 5</b>    0.206 
      14.0067   <br>
           9         H     1  TRS         H2   <b> 5</b>    0.004  
      1.0080   <br>
          10         H     1  TRS        H3     <b>5</b>    0.004  
      1.0080   <br>
          11         H     1  TRS        H1     <b>5 </b>  0.004  
      1.0080   <br>
          12       CH2     1  TRS      C2     <b>6 </b>   0.150 
      14.0270   <br>
          13        OA     1  TRS      O2     <b>6</b>   -0.205 
      15.9994   <br>
          14         H     1  TRS      H23    <b> 6</b>    0.019  
      1.0080  <br>
      <br>
      Thanks for your helps<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">05 Nisan 2011 09:03 tarihinde Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        yazdż:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
            <div>
              <div> On 5/04/2011 3:57 PM, ahmet yżldżrżm wrote:
                <blockquote type="cite">Dear Tsjerk,<br>
                  <br>
                  <blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex;
                    border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
                    padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">Hi Ahmet,<br>
                    <br>
                    As suggested, it's better to break up your molecule
                    into smaller<br>
                    charge groups. Note that charge groups don't need to
                    have zero charge,<br>
                    nor integer charge. In your case, I'd suggest two
                    COH groups for EDO,<br>
                    which will have zero net charge each, and for TRS
                    I'd take the COH<br>
                    groups as separate charge groups. I also note that
                    the COH groups,<br>
                    although chemically identical - H3NC(COH)3, right?-,
                    have different<br>
                    charges. That doesn't seem proper.<br>
                    <br>
                    Hope it helps,<br>
                    <br>
                    Tsjerk<br>
                  </blockquote>
                  <br>
                  nonrevised .itp file:<br>
                  EDO      3<br>
                  <br>
                  [ atoms ]<br>
                  ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge    
                  mass<br>
                       1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111 
                  15.9994   <br>
                       2         H     1  EDO     HAE     1    0.031  
                  1.0080   <br>
                       3       CH2     1  EDO     CAA     1    0.080 
                  14.0270   <br>
                       4       CH2     1  EDO     CAC     1    0.080 
                  14.0270   <br>
                       5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111 
                  15.9994   <br>
                       6         H     1  EDO     HAF     1    0.031  
                  1.0080  <br>
                  <br>
                  nonrevised .itp file:<br>
                  EDO      3<br>
                  <br>
                  [ atoms ]<br>
                  ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge    
                  mass<br>
                       1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111 
                  15.9994   <br>
                       2         H     1  EDO     HAE     1    0.031  
                  1.0080   <br>
                       3       CH2     1  EDO     CAA     1    <b>0.000</b> 
                  14.0270   <br>
                       4       CH2     1  EDO     CAC     1    <b>0.000</b> 
                  14.0270   <br>
                       5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111 
                  15.9994   <br>
                       6         H     1  EDO     HAF     1    0.031  
                  1.0080  <br>
                  <br>
                  can you show me on the itp file? how do I seperate two
                  COH groups? Please help me<br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            We didn't say to use zero *charges*. We said you need small
            charge groups. Since EDO is neutral, then by symmetry each
            half must also be neutral.<br>
            <br>
            Have a look at the way charge groups are used in the .rtp
            file for your forcefield. You need to do similar things. If
            you don't understand the file formats yet, you need to read
            up on chapter 5 of the manual.<br>
            <br>
            Mark<br>
          </div>
          <br>
          --<br>
          gmx-users mailing list    <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Ahmet YILDIRIM<br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>