<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 9pt;
font-family:±¼¸²
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Tue, 5 Apr 2011 23:43:19 +1000<br>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] How to remove charge of 5e-2 ??<br>&gt; <br>&gt; On 5/04/2011 11:17 PM, Hyunsik wrote:<br>&gt; &gt; Dear experts,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; When prepare a system, the system had +5.5. So I add 5 CL- ion to neutralize.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; But as you know, the Cl charge is -1 and there still is 5e-2. how can i remove that.<br>&gt; <br>&gt; Your statements are inconsistent. If you had 5.5 charge and added five <br>&gt; chloride ions, you could not end up with 0.05.<br><br>&nbsp; oh.. I have mistaken.. I had 5.005 of the system charge. <br>&nbsp; <br>&nbsp; So even if added five choride ions, the system charge is not zero. there was 0.005 <br><br>&nbsp; that is partial charge??&nbsp; If like that, topology is broken or something wrong? abnormal??<br>&nbsp; <br>&nbsp; Thank you,<br><br>&nbsp; 
 Hyun<br><br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               </body>
</html>