Dear Tsjerk,<br><br><blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">Hi Ahmet,<br><br>
As suggested, it&#39;s better to break up your molecule into smaller<br>
charge groups. Note that charge groups don&#39;t need to have zero charge,<br>
nor integer charge. In your case, I&#39;d suggest two COH groups for EDO,<br>
which will have zero net charge each, and for TRS I&#39;d take the COH<br>
groups as separate charge groups. I also note that the COH groups,<br>
although chemically identical - H3NC(COH)3, right?-, have different<br>
charges. That doesn&#39;t seem proper.<br><br>
Hope it helps,<br><br>
Tsjerk<br></blockquote>


<br>nonrevised .itp file:<br>EDO      3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111  15.9994   <br>     2         H     1  EDO     HAE     1    0.031   1.0080   <br>
     3       CH2     1  EDO     CAA     1    0.080  14.0270   <br>     4       CH2     1  EDO     CAC     1    0.080  14.0270   <br>     5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111  15.9994   <br>     6         H     1  EDO     HAF     1    0.031   1.0080  <br>
<br>nonrevised .itp file:<br>EDO      3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111  15.9994   <br>     2         H     1  EDO     HAE     1    0.031   1.0080   <br>
     3       CH2     1  EDO     CAA     1    <b>0.000</b>  14.0270   <br>     4       CH2     1  EDO     CAC     1    <b>0.000</b>  14.0270   <br>     5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111  15.9994   <br>     6         H     1  EDO     HAF     1    0.031   1.0080  <br>
<br>can you show me on the itp file? how do I seperate  two COH groups? Please help me<br><br><div class="gmail_quote">31 Mart 2011 12:10 tarihinde Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> yazdż:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Ahmet,<br>
<br>
Why would I get angry? :) Sending a reply to the list will not usually<br>
be taken as asking for private tutoring...<br>
<br>
As Mark pointed out, you need to get familiar with the format of the<br>
files. That&#39;s the first thing you should do if you get to the point of<br>
needing to use non standard topologies. Read the manual, look at<br>
existing files. As for the immediate question, under the [ atoms ]<br>
section is a line indicating which column denotes what. You&#39;d need to<br>
modify the columns &#39;cgnr&#39; (charge group number) and probably &#39;charge&#39;.<br>
For finding proper charge groups, in general you best draw your<br>
molecule, with the charges added, and then see which atoms would<br>
almost naturally group together.<br>
<div class="im"><br>
TRS.itp:<br>
..<br>
[ moleculetype ]<br>
; Name nrexcl<br>
TRS      3<br>
<br>
[ atoms ]<br>
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>
     1        OA     1  TRS      O1     1   -0.119  15.9994<br>
     2         H     1  TRS     H13     1    0.032   1.0080<br>
     3       CH2     1  TRS      C1     1    0.087  14.0270<br>
     4      CCl4     1  TRS       C     2    0.055  12.0110<br>
     5       CH2     1  TRS      C3     2    0.049  14.0270<br>
     6        OA     1  TRS      O3     2   -0.205  15.9994<br>
<br>
</div><div class="im">Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
<br>
<br>
2011/3/31 ahmet yżldżrżm &lt;<a href="mailto:ahmedo047@gmail.com">ahmedo047@gmail.com</a>&gt;:<br>
</div><div><div></div><div class="h5">&gt; Dear Tsjerk,<br>
&gt;<br>
&gt; I will ask you one thing but please do not get angry (I know you are not a<br>
&gt; private tutor but I need your helps).<br>
&gt;<br>
&gt; How do I apply on the files (EDO.itp and TRS.itp) that you said? (or can you<br>
&gt; suggest a tutorial?)<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks<br>
&gt;<br>
&gt; 2011/3/31 Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 31/03/2011 5:18 PM, ahmet yżldżrżm wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Dear users,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Before energy minimization step , I performed the preprosessing step using<br>
&gt;&gt; grompp .<br>
&gt;&gt; However, there are two note that :<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; NOTE 1 [file topol.top, line 52]:<br>
&gt;&gt;   System has non-zero total charge: -1.500000e+01<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; This is an integer. See<br>
&gt;&gt; <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_notation#E_notation" target="_blank">http://en.wikipedia.org/wiki/Scientific_notation#E_notation</a> and<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; NOTE 2 [file topol.top]:<br>
&gt;&gt;   The largest charge group contains 11 atoms.<br>
&gt;&gt;   Since atoms only see each other when the centers of geometry of the<br>
&gt;&gt; charge<br>
&gt;&gt;   groups they belong to are within the cut-off distance, too large charge<br>
&gt;&gt;   groups can lead to serious cut-off artifacts.<br>
&gt;&gt;   For efficiency and accuracy, charge group should consist of a few atoms.<br>
&gt;&gt;   For all-atom force fields use: CH3, CH2, CH, NH2, NH, OH, CO2, CO, etc.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; See Tsjerk&#39;s email.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; PS: TRS and EDO are not aminoacid<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; TRS.itp:<br>
&gt;&gt; ..<br>
&gt;&gt; [ moleculetype ]<br>
&gt;&gt; ; Name nrexcl<br>
&gt;&gt; TRS      3<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; [ atoms ]<br>
&gt;&gt; ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>
&gt;&gt;      1        OA     1  TRS      O1     1   -0.119  15.9994<br>
&gt;&gt;      2         H     1  TRS     H13     1    0.032   1.0080<br>
&gt;&gt;      3       CH2     1  TRS      C1     1    0.087  14.0270<br>
&gt;&gt;      4      CCl4     1  TRS       C     2    0.055  12.0110<br>
&gt;&gt;      5       CH2     1  TRS      C3     2    0.049  14.0270<br>
&gt;&gt;      6        OA     1  TRS      O3     2   -0.205  15.9994<br>
&gt;&gt;      7         H     1  TRS     H33     2    0.019   1.0080<br>
&gt;&gt;      8        NL     1  TRS       N     2    0.206  14.0067<br>
&gt;&gt;      9         H     1  TRS      H2     2    0.004   1.0080<br>
&gt;&gt;     10         H     1  TRS      H3     2    0.004   1.0080<br>
&gt;&gt;     11         H     1  TRS      H1     2    0.004   1.0080<br>
&gt;&gt;     12       CH2     1  TRS      C2     2    0.050  14.0270<br>
&gt;&gt;     13        OA     1  TRS      O2     2   -0.205  15.9994<br>
&gt;&gt;     14         H     1  TRS     H23     2    0.019   1.0080<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; EDO.itp<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt; [ moleculetype ]<br>
&gt;&gt; ; Name nrexcl<br>
&gt;&gt; EDO      3<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; [ atoms ]<br>
&gt;&gt; ;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>
&gt;&gt;      1        OA     1  EDO     OAB     1   -0.111  15.9994<br>
&gt;&gt;      2         H     1  EDO     HAE     1    0.031   1.0080<br>
&gt;&gt;      3       CH2     1  EDO     CAA     1    0.080  14.0270<br>
&gt;&gt;      4       CH2     1  EDO     CAC     1    0.080  14.0270<br>
&gt;&gt;      5        OA     1  EDO     OAD     1   -0.111  15.9994<br>
&gt;&gt;      6         H     1  EDO     HAF     1    0.031   1.0080<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; topol.top:<br>
&gt;&gt; ..<br>
&gt;&gt; ; Include water topology<br>
&gt;&gt; #include &quot;gromos43a1.ff/spc.itp&quot;<br>
&gt;&gt; #include &quot;TRS.itp&quot;<br>
&gt;&gt; #include &quot;EDO.itp&quot;<br>
&gt;&gt; ..<br>
&gt;&gt; [ molecules ]<br>
&gt;&gt; ; Compound        #mols<br>
&gt;&gt; Protein_chain_A     1<br>
&gt;&gt; Protein_chain_B     1<br>
&gt;&gt; SOL               185<br>
&gt;&gt; SOL               143<br>
&gt;&gt; TRS                1<br>
&gt;&gt; EDO                1<br>
&gt;&gt; SOL             44125<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Conf.gro:<br>
&gt;&gt; MTA/SAH NUCLEOSIDASE; 5 NUCLEOSIDASE<br>
&gt;&gt;  5354<br>
&gt;&gt;     2GLN      N    1   1.458  -1.158   0.739<br>
&gt;&gt;     2GLN     H1    2   1.520  -1.083   0.763<br>
&gt;&gt; .......<br>
&gt;&gt;   485HOH    HW1 5333   0.221  -3.864  -2.291<br>
&gt;&gt;   485HOH    HW2 5334   0.303  -3.946  -2.407<br>
&gt;&gt;     1TRS  O1       1  -3.812  -0.471  -2.002<br>
&gt;&gt;     1TRS  H13      2  -3.865  -0.443  -1.922<br>
&gt;&gt;     1TRS  C1       3  -3.672  -0.469  -1.971<br>
&gt;&gt;     1TRS  C        4  -3.635  -0.571  -1.863<br>
&gt;&gt;     1TRS  C3       5  -3.711  -0.547  -1.731<br>
&gt;&gt;     1TRS  O3       6  -3.694  -0.414  -1.679<br>
&gt;&gt;     1TRS  H33      7  -3.746  -0.404  -1.594<br>
&gt;&gt;     1TRS  N        8  -3.673  -0.705  -1.911<br>
&gt;&gt;     1TRS  H2       9  -3.625  -0.725  -1.996<br>
&gt;&gt;     1TRS  H3      10  -3.771  -0.707  -1.927<br>
&gt;&gt;     1TRS  H1      11  -3.649  -0.774  -1.842<br>
&gt;&gt;     1TRS  C2      12  -3.483  -0.573  -1.840<br>
&gt;&gt;     1TRS  O2      13  -3.428  -0.445  -1.806<br>
&gt;&gt;     1TRS  H23     14  -3.470  -0.412  -1.722<br>
&gt;&gt;     1EDO  OAB      1   0.307  -2.792   0.149<br>
&gt;&gt;     1EDO  HAE      2   0.390  -2.826   0.104<br>
&gt;&gt;     1EDO  CAA      3   0.239  -2.901   0.212<br>
&gt;&gt;     1EDO  CAC      4   0.111  -2.851   0.281<br>
&gt;&gt;     1EDO  OAD      5   0.144  -2.763   0.388<br>
&gt;&gt;     1EDO  HAF      6   0.060  -2.731   0.432<br>
&gt;&gt;    8.13100   7.04165  13.54850   0.00000   0.00000  -4.06550   0.00000<br>
&gt;&gt; 0.00000   0.00000<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; How can I fixed these notes(note 1 and note 2)?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks in advance<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Ahmet YILDIRIM<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Ahmet YILDIRIM<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
</div></div><div class="im">Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
</div>--<br>
<div><div></div><div class="h5">gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>