Hello,<br><br>I am having problems in carrying out a NPT equilibration 
of my system at 500 K.<br><br>System: A 5 nm cube with peptide, Li+ ions
 and 2,5-dihydroxybenzoic acid anion.<br><br>NVT equilibration gives 
expected results.<br>
<br>When I load the npt.gro file in VMD, its 
seems as if the molecules have fragmented/vaporized.<br><br>nvt.mdp:<br><br>title   
 = hist NPT equilibration<br>define      = -DPOSRES  ; position restrain
 the protein<br>
; Run parameters<br>integrator  = md     ; leap-frog integrator<br>nsteps     
 = 50000     ; 2 * 50000 = 100 ps<br>dt    = 0.002     ; 2 fs<br>; 
Output control<br>nstxout     = 100    ; save coordinates every 0.2 ps<br>nstvout    
 = 100    ; save velocities every 0.2 ps<br>
nstenergy   = 100    ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog      = 
100    ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation  
 = yes    ; Restarting after NVT<br>constraint_algorithm = lincs  ; 
holonomic constraints<br>
constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) 
constrained<br>lincs_iter  = 1      ; accuracy of LINCS<br>lincs_order =
 4      ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type    
 = grid      ; search neighboring grid cells<br>
nstlist     = 5      ; 10 fs<br>rlist    = 1.0    ; short-range 
neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb = 1.0    ; short-range 
electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw     = 1.0    ; short-range van der 
Waals cutoff (in nm)<br>
; Electrostatics<br>coulombtype = PME    ; Particle Mesh Ewald for 
long-range electrostatics<br>pme_order   = 4      ; cubic interpolation<br>fourierspacing
 = 0.16      ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>
tcoupl      = V-rescale ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps     =
 Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate<br>tau_t   
 = 0.1 0.1   ; time constant, in ps<br>ref_t    = 500    500   ; 
reference temperature, one for each group, in K<br>
; Pressure coupling is on<br>pcoupl      = Parrinello-Rahman  ; Pressure
 coupling on in NPT<br>pcoupltype  = isotropic ; uniform scaling of box 
vectors<br>tau_p    = 2.0    ; time constant, in ps<br>ref_p    = 1.0   
 ; reference pressure, in bar<br>
compressibility = 4.5e-5   ; isothermal compressibility of water, bar^-1<br>;
 Periodic boundary conditions<br>pbc      = xyz    ; 3-D PBC<br>; 
Dispersion correction<br>DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW 
scheme<br>
; Velocity generation<br>gen_vel     = no     ; Velocity generation is 
off<br><br><br>If I use the same exact system and run NVT and NPT 
equilibration at 300 K, everything seems to be working.<br><br>What 
could be going wrong at 500 K?<br>
<br>Thanks,<br><font color="#888888">Shivangi</font>