Dear Dr.Justin<br><br>I had the same problem.<br>I modified the charges and charge groupsin the  topology of a drug.the net charge of it is zero(I am sure)<br>though,when I used pdb2gmx it resulted a NOTE like the following:<br>
<br>NOTE:The system has non-zero total charge: 3.000003e00<br>I continued simulation and ignored it!<br>Because:<br>1- I checked my protein.top and qtot was 3<br>2-the net charge of my drug was 0<br>3-Besides,all charges have 3 digit precision,How can it have 0.000003 additional charge?!<br>
<br>What is your point of view?<br>Thanks in advance for your reply<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 6, 2011 at 3:40 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
김현식 wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
 &gt; Date: Tue, 5 Apr 2011 23:43:19 +1000<br>
 &gt; From: <a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>
 &gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &gt; Subject: Re: [gmx-users] How to remove charge of 5e-2 ??<br>
 &gt;<br>
 &gt; On 5/04/2011 11:17 PM, Hyunsik wrote:<br>
 &gt; &gt; Dear experts,<br>
 &gt; &gt;<br>
 &gt; &gt; Hi,<br>
 &gt; &gt;<br>
 &gt; &gt; When prepare a system, the system had +5.5. So I add 5 CL- ion to neutralize.<br>
 &gt; &gt;<br>
 &gt; &gt; But as you know, the Cl charge is -1 and there still is 5e-2. how can i remove that.<br>
 &gt;<br>
 &gt; Your statements are inconsistent. If you had 5.5 charge and added five<br>
 &gt; chloride ions, you could not end up with 0.05.<br>
<br>
  oh.. I have mistaken.. I had 5.005 of the system charge.<br>
   So even if added five choride ions, the system charge is not zero. there was 0.005<br>
<br>
  that is partial charge??  If like that, topology is broken or something wrong? abnormal??<br>
 <br>
</blockquote>
<br></div>
Maybe, maybe not.  Rounding errors could account for this difference, especially if your system is very large.  Still, you should inspect your topology/topologies for inconsistencies.  If pdb2gmx created the topology, keep an eye on the &quot;qtot&quot; column for a running total of the charge.  If you&#39;ve made or adjusted any topologies on your own, double-check your work.  If everything looks correct, then the difference is likely a consequence of floating-point math and nothing more.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
  Thank you,<br>
<br>
  Hyun<br>
<br>
 &gt;<br>
 &gt; Mark<br>
 &gt; --<br>
 &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
 &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
 &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
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