<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>I have been trying to generate a pdb file using g_cluster with the following command:<br>"g_cluster -s md.tpr -f md.xtc -cl"<br><br>It ran O.K. but I am curious the rmsd warning message:<br>&nbsp;<br>The RMSD ranges from 0.0481586 to 0.200779 nm<br>Average RMSD is 0.124039<br>Number of structures for matrix 5001<br>Energy of the matrix is 204.264 nm<br>WARNING: rmsd minimum 0 is below lowest rmsd value 0.0481586<br>Linking structures **<br>Sorting and renumbering clusters<br><br>What is that rmsd minimum 0 all about?<br><br>Thanks for your help in advance.<br><br>Simon Sham<br></td></tr></table>