<div>This is review of all the carbohydrate force fields. It&#39;s only missing the latest CHARM one which I think is available in the latest release of gromacs.</div>
<div> </div>
<div>E. Fadda and R.J. Woods, “<strong>Molecular</strong> <strong>Simulations</strong> of <strong>Carbohydrates</strong> and <strong>Protein-Carbohydrate</strong> <strong>Interactions</strong>: <strong>Motivation</strong>, <strong>Issues</strong>, and <strong>Prospects</strong>”, <strong>Drug</strong> Discov.<strong>Today</strong>., <strong>2010</strong></div>


<div><strong></strong> </div>
<div><strong>Oliver</strong></div>
<div><strong></strong> </div>
<div><strong></strong> </div>
<div><br> </div>
<div class="gmail_quote">On 7 April 2011 07:47, <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nishap.patel@utoronto.ca">nishap.patel@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Here are few papers you can refer to:<br><br>  Gromos forcefield for hexopyronase-based carbohydrates - Roberto D.Lins     and Philippe H. Hunenberger 2005<br>

<br>(In gromos forcefield there are parameters for galactose)<br><br>  An improved OPLS?AA force field for carbohydrates- D Kony 2002<br><br>Hope it helps!<br><br>Nisha P 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br><br><br><br><br>Quoting Michael Brunsteiner &lt;<a href="mailto:mbx0009@yahoo.com" target="_blank">mbx0009@yahoo.com</a>&gt;:<br><br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote"><br>Dear all,<br><br>I understand that most major force fields (charmm, opls, amber, gromos?...)<br>come with parameters for sugars. I wonder:<br>

<br>1)  if any work has been done/published comparing<br>the accuracy of these different sugar force fields<br><br>2) Of the force fields that come with gromacs is there one<br>for which making sugar topologies is as straight forward as making<br>

topologies for amino acids, or if there is no such thing for which FF is<br>making a sugar topology the least tedious?<br><br>BTW: I want to model simple sugar molecules, monomers,<br>dimers (no polymers)<br><br>thanks!<br>

<br>Michael<br>--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at  <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>

www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

<br></blockquote><br><br><br><br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br></div></div>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>. 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></div></blockquote></div><br>