<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Hi Gromacs
users,</span></p>



<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">I want to
covalently link the lauroic acid to the Valine residue (it is a peptide (amide)
bond), I know that I should update the specbond.dat.<span style="">  </span>But before updating this file, I need the NH
as an N terminal of the first residue (Valine).<span style=""> 
</span>When I used <span style=""> </span>pdb2gmx with the –ter
flag, <span style=""> </span>I got either NH3, NH2 or None
instead of NH.<span style=""> </span>So, I add
the [NH] directive in the aminoacids.n.rtp file, as follows;</span></p><p class="MsoNormal"><br><span style="" lang="EN-US"></span></p><p class="MsoNormal">

</p><p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ NH ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ replace ]</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">;</span>
old-name<span style="">     </span>new-type<span style="">     </span>new-mass<span style="">      </span>new-charge</p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">         </span>NL<span style="">             </span><span style="">   </span>N<span style="">       
</span><span style="">        </span>14.0067<span style="">  </span><span style="">         </span>-0.31<span style="">             </span><span style="">     </span></span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">        </span>CA<span style="">               </span>CH1<span style="">       </span><span style="">      </span>13.019<span style="">   
</span><span style="">          </span>0.127</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ add ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">1<span style="">      
</span>2<span style="">       </span>H<span style="">       </span>N<span style="">      
</span>CA<span style="">      </span>C</span></p>

<p class="MsoNormal">;atom_type<span style="">     
</span>mass<span style="">           </span>charge</p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style="">       
</span>H<span style="">       </span><span style="">          </span>1.008<span style="">   </span><span style="">     </span><span style="">  </span>0.31</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ delete ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">H</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ bonds ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">N<span style="">      
</span>H<span style="">      </span>gb_2</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ angles ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">CA<span style="">     
</span>N<span style="">       </span>H<span style="">      </span>ga_11</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">[ dihedrals ]</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">H<span style="">     
</span>N<span style="">       </span>CA<span style="">      </span>C<span style="">      
</span>gd_29</span></p>

<br>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">(ps. I wrote the charges of N, CA and H
according to values defined in topol.top and also I used the Gromos96 53a6 force
field)</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><br></span></p><p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">Then, I used the pdb2gmx with –ter, I could
see:</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US">Select start terminus type for VAL</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style=""> </span>0: NH</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style=""> </span>1: NH3+</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style=""> </span>2: NH2</span></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><span style="" lang="EN-US"><span style=""> </span>3: None</span></p><p class="MsoNormal" style="line-height: normal;"><br><span style="" lang="EN-US"></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Finally, I
got the<span style="">  </span>topol.top, posre itp and
conf.gro files. But when I looked into conf.gro, <span style=""> </span>I see that I am getting <span style=""> </span>“None”. <span style=""> </span>How can I get the NH ?</span></p><p class="MsoNormal"><br><span style="" lang="EN-US"></span></p>
<p class="MsoNormal">

</p><p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Thanks in
advance for your help.</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Best
regards </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="" lang="EN-US">Deniz </span></p>