<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">Oh, yes, I could open it in text editor. I didn't realize that. <br><br>Thanks,<br>Majid<br><div><br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 10pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Fri, April 8, 2011 6:48:13 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] .n2t file for ssDNA<br></font><br>
<br><br>majid hasan wrote:<br>&gt; I looked at the error in more detail (output attached), and it says that: Warning: Residue T6 in chain has different type (Other) from starting residue A1 (RNA). I had a dna.pdb file so first but its reading the first residue as RNA.<br>&gt; <br>&gt; So to me, problem seems to be that residues are named differently in my dna.pdb file and dna.rtp file of force field. I looked at dna.pdb file using more dna.pdb (output attached), and the residues are named as A, C, G, T, while in Amber's dna.rtp file (attached) these are named as DA3, DC3. Could this be a problem?&nbsp; If this is, then how do I change the names of residues in .pdb file, which I created it using a different software (3DNA, and Gabedit)?<br>&gt; <br><br>The names of the residues must conform to the names found in the force field .rtp file.&nbsp; The changes can be made with a text editor, but be careful not to shift the spacing of the .pdb file; its format
 must remain fixed.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Thanks,<br>&gt; Majid<br>&gt; <br>&gt; <br></div></div>
</div></body></html>