Dear All,<br><br>I have simulated three DPC micelles with the same size (54 lipids) with different force fields (CHARMM, AMBER et GROMOS53A6) and computed the average accessible surface areas for each lipids with g_sas (gmx4.5.3) I obtain the three average values for total DPC, the headgroup (phosphocholine) and the alkyl tail. <br>
<br>          Total (A2)        Head          Tail <br><br>GROMOS53A6    158.4 ± 4.8     54.8 ± 3.4         103.2 ± 3.8 <br>AMBER              248.2 ± 8.7     76.2 ± 5.1         172.5 ± 5.2<br>CHARMM           242.7 ± 7.7     70.4 ± 4.1          172.4 ± 4.8 <br>
    <br>As you can see the ASA values are close between the micelles simulated with the CHARMM and AMBER ff, but larger than the values obtained from the micelle simulated with GROMOS ff especially for the headgroup. I am aware that  CHARMM and AMBER are explicits ff whereas GROMOS is an united ff  It is the reason I obtain a smaller values for GROMOS compared to two others ones ?<br>
<br><br>Does g_sas tool take into account this. I have also noted when I use g_sas i obtain the following message <br><br>WARNING: masses and atomic (Van der Waals) radii will be determined<br>         based on residue and atom names. These numbers can deviate<br>
         from the correct mass and radius of the atom type.<br><br>WARNING: could not find a Van der Waals radius for 54 atoms<br><br>It is important ? <br><br>Thank you in advance for your advices. <br><br>SA<br>