<pre style="margin: 0em;">Hello,<br><br>I used a -maxwarn 5, but I only obtain 1 warning,  (about obsolete entries that the .mdp file has).<br>I used a solute-box distance of 0.34 in order to reduce the simulation box. I used before a solute-box distance of 1 nm and the problem persist. <br><br>my .mdp file is the next:<br><br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<br>title =<br>cpp = /lib/cpp<br>include =<br>define =<br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>integrator = md<br>; Start time and timestep in ps<br>tinit = 0<br>dt = 0.004<br>nsteps = 2<br>; For exact run continuation or redoing part of a run<br>init_step = 0<br>; mode for center of mass motion removal<br>comm-mode = Linear<br>; number of steps for center of mass motion removal<br>nstcomm = 1<br>; group(s) for center of mass motion removal<br>comm-grps =<br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout = 10000<br>nstvout = 10000<br>nstfout = 0<br>; Checkpointing helps you continue after crashes<br>nstcheckpoint = 1000<br>; Output frequency for energies to log file and energy file<br>nstlog = 100<br>nstenergy = 100<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout = 100<br>xtc-precision = 1000<br>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can<br>; select multiple groups. By default all atoms will be written.<br>xtc-grps =<br>; Selection of energy groups<br>energygrps =<br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist = 5<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns-type = grid<br>; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br>; or full (infinite systems only)<br>pbc = xyz<br>; nblist cut-off<br>rlist = 1.4<br>domain-decomposition = no<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype = PME<br>rcoulomb-switch = 0<br>rcoulomb = 1.4<br>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field<br>epsilon-r = 1.2<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdw-type = Cut-off<br>; cut-off lengths<br>rvdw-switch = 0<br>rvdw = 1.4<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr = EnerPres<br>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off<br>table-extension = 1.4<br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing = 0.24<br>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>fourier_nx = 0<br>fourier_ny = 0<br>fourier_nz = 0<br>; EWALD/PME/PPPM parameters<br>pme_order = 6<br>ewald_rtol = 1e-05<br>ewald_geometry = 3d<br>epsilon_surface = 0<br>optimize_fft = no<br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>; Temperature coupling<br>Tcoupl = V-rescale<br>; Groups to couple separately<br>tc-grps = protein sol<br>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tau-t = 0.1 0.1<br>ref-t = 300 300<br>; Pressure coupling<br>Pcoupl = Berendsen<br>Pcoupltype = Isotropic<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau-p = 1<br>compressibility = 5e-5<br>ref-p = 1<br>; Random seed for Andersen thermostat<br>andersen_seed = 815131<br><br>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>gen-vel = yes<br>gen-temp = 300<br>gen-seed = 173529<br><br>; OPTIONS FOR BONDS<br>constraints = all-bonds<br>; Type of constraint algorithm<br>constraint-algorithm = Lincs<br>; Do not constrain the start configuration<br>continuation = yes<br>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations<br>Shake-SOR = no<br>; Relative tolerance of shake<br>shake-tol = 1e-04<br>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix<br>lincs-order = 4<br>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for<br>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.<br>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.<br>lincs-iter = 1<br>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond<br>; rotates over more degrees than<br>lincs-warnangle = 30<br>; Convert harmonic bonds to morse potentials<br>morse = no<br><br>Thanks in advance,<br><br><br>Luis Miguel Medina Solano wrote:<br></pre><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><pre style="margin: 0em;">Hello,<br><br></pre><tt>I'm very sorry for the way I reply, the truth is that i didn't know how </tt><tt>else to reply (it is my first time posting here).</tt><pre style="margin: 0em;">the script to generate the REMD is:<br><br>#!/bin/bash<br># ff opsla and water spc<br>#<br></pre><tt>echo -e "14\n4\n3\n3 0" |pdb2gmx -f 1.pdb -o inib4em.pdb -p topol.top </tt><tt>-ignh -ter</tt><pre style="margin: 0em;">editconf -f inib4em.pdb -o inib4em.pdb -d 0.34 -bt dodecahedron<br></pre></blockquote><tt>Using a solute-box distance of only 0.34 nm is probably unwise.  Why have you </tt><tt>chosen such a short distance?</tt><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><pre style="margin: 0em;">grompp -v -f iniem.mdp -o em -c inib4em.pdb -maxwarn 5<br></pre></blockquote><tt>Why are you using -maxwarn, especially to ignore up to five errors?  The notes </tt><tt>that grompp prints are helpful in that they usually indicate sources of </tt><tt>instability in your system by way of algorithm conflict.</tt><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><tt>mdrun -v -s em -c ini_after_em.pdb -deffnm ini_after_em   </tt><tt>editconf -f ini_after_em.pdb -o ini_after_em.pdb -d 0.34 -bt dodecahedron</tt><pre style="margin: 0em;">genbox  -cp ini_after_em.pdb -cs spc216 -o sol_b4em.pdb -p topol.top<br>grompp -v -f em.mdp -c sol_b4em.pdb -o sol_em -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_em -c sol_after_em.pdb -deffnm sol_after_em<br>grompp -v -f rp.mdp -c sol_after_em.pdb -o sol_rp -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_rp -c sol_after_rp.pdb -deffnm sol_after_rp<br># NVT and NPT runs for each replica<br>for ((i = 0; i&lt;= 42 ; i ++))<br>do<br></pre><tt>grompp -v -f nvt$i.mdp -c sol_after_rp.pdb -o sol_nvt$i -p topol.top </tt><tt>-maxwarn 5</tt><pre style="margin: 0em;">mdrun -v -s sol_nvt$i.tpr -c sol_after_nvt$i.pdb -deffnm sol_after_nvt$i<br></pre><tt>grompp -v -f npt$i.mdp -c sol_after_nvt$i.pdb -o sol_npt$i -p topol.top </tt><tt>-maxwarn 5</tt><pre style="margin: 0em;">mdrun -v -s sol_npt$i.tpr -c sol_after_npt$i.pdb -deffnm sol_after_npt$i<br>editconf -f sol_after_npt$i.pdb -o sol_after_nptt$i.pdb  -c<br></pre><tt>grompp -v -f solv$i.mdp -c sol_after_nptt$i.pdb -o sol_solv$i -p </tt><tt>topol.top -maxwarn 5</tt></blockquote><tt>Providing your .mdp files is probably useful for determining the source of your </tt><tt>problems, but more likely either (or both) of the above points will have </tt><tt>critical clues.</tt><pre style="margin: 0em;">-Justin<br><br></pre><blockquote style="border-left: 0.2em solid rgb(85, 85, 238); margin: 0em; padding-left: 0.85em;"><pre style="margin: 0em;">done<br># REMD run<br></pre><tt>mpiexec -l -np 43 mdrun_mpi -v -s sol_solv.tpr -multi 43 -replex 500 -c </tt><tt>Folded.pdb -deffnm Folded</tt><pre style="margin: 0em;">Best regards<br><br></pre></blockquote><pre style="margin: 0em;">--<br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a rel="nofollow" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br></pre>