Hello,<br><br>Right now I'm trying to perform a REMD simulation of a poly-alanine peptide, using 43 replicas&nbsp; ranging from 300-500 K. the procedure I'm using is the following:<br>1. Energy minimization of the peptide in vacuum <br>2. generation of the&nbsp; simulation box. a dodecahedron box.<br>3. filling the simulation box with water.<br>4. EM of the solvated system.<br>5. position restraind MD<br>6. NVT MD (for each replica)<br>7. NPT MD (for each replica)<br>8. REMD at constant T and P.<br><br>my problem is that at the beginning of the REMD the simulation Box y displaced, leaving some water molecules outside the simulation box, which cause the system to collapse. how can I solve this problem??<br><br>Thanks<br><br><br><br>********************************<br>Luis Miguel Medina Solano<br>Master student, Chemical Engineering . Universidad de los Andes.<br>Chemical engineer, Universidad de los Andes.<br>Biologist, Universidad de los Andes.<br>********************************** <br><br><br><br>