Hello,<br><br>I'm very sorry for the way I reply, the truth is that i didn't know how else to reply (it is my first time posting here). <br><br>the script to generate the REMD is:<br><br>#!/bin/bash<br># ff opsla and water spc<br># <br>echo -e "14\n4\n3\n3 0" |pdb2gmx -f 1.pdb -o inib4em.pdb -p topol.top -ignh -ter <br>editconf -f inib4em.pdb -o inib4em.pdb -d 0.34 -bt dodecahedron<br>grompp -v -f iniem.mdp -o em -c inib4em.pdb -maxwarn 5<br>mdrun -v -s em -c ini_after_em.pdb -deffnm ini_after_em&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>editconf -f ini_after_em.pdb -o ini_after_em.pdb -d 0.34 -bt dodecahedron<br>genbox&nbsp; -cp ini_after_em.pdb -cs spc216 -o sol_b4em.pdb -p topol.top <br>grompp -v -f em.mdp -c sol_b4em.pdb -o sol_em -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_em -c sol_after_em.pdb -deffnm sol_after_em<br>grompp -v -f rp.mdp -c sol_after_em.pdb -o sol_rp -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_rp -c sol_after_rp.pdb -deffnm sol_after_rp<br># NVT and NPT runs for each replica<br>for ((i = 0; i&lt;= 42 ; i ++))<br>do<br>grompp -v -f nvt$i.mdp -c sol_after_rp.pdb -o sol_nvt$i -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_nvt$i.tpr -c sol_after_nvt$i.pdb -deffnm sol_after_nvt$i<br>grompp -v -f npt$i.mdp -c sol_after_nvt$i.pdb -o sol_npt$i -p topol.top -maxwarn 5<br>mdrun -v -s sol_npt$i.tpr -c sol_after_npt$i.pdb -deffnm sol_after_npt$i<br>editconf -f sol_after_npt$i.pdb -o sol_after_nptt$i.pdb&nbsp; -c<br>grompp -v -f solv$i.mdp -c sol_after_nptt$i.pdb -o sol_solv$i -p topol.top -maxwarn 5<br>done<br># REMD run<br>mpiexec -l -np 43 mdrun_mpi -v -s sol_solv.tpr -multi 43 -replex 500 -c Folded.pdb -deffnm Folded<br><br>Best regards