<div>dear Justin,</div>
<div> </div>
<div>I should appreciate your guides in this period. They&#39;re really helpful but again, I have some problem:</div>
<div> </div>
<div>I started over, several times as you suggested. I replaced the name of SOL with N2. The problem of coordinates was solved by manual addition of #N2 molecules to topol.top each time. But this error appears: </div>
<div>Program grompp_d,</div>
<div>Source file: topio.c, line: 587</div>
<div>Molecule type &#39;N2&#39; contains no atoms</div>
<div> </div>
<div>I checked the program of topio, grompp, and etc but I couldn&#39;t find SOL molecule type to know how I can fix it. Would you please give me an idea? Is gromacs able to simulate in non-aqous condition? </div>
<div> </div>
<div>Cheers,</div>
<div>Sarah K. </div>