
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#000000;"><div>Dear All,<br><br>I am trying to make sure that the names of dna residues in my .pdb file match with .rtp file in the Amber forcefield. I looked up the residuetypes.dat file (attached), and it gives the names for DNA residues, which are of the form, DX, DX3, DX5, DXN (X=A,C,T,G). So if I have a residue X, then what is the difference between DX, DX3, so on i.e when do I name residue X as DX, and when as DX3, and so on? <br><br>Moreover, can anyone explain me the format of pdb file (attached) i.e what do different columns represent, so I can change the names of residues without making any error?<br><br>Thanks,<br>Majid<br></div>

</div></body></html>