<DIV></DIV>
<DIV>Dear GMX users,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I have a question about running MD simulation using amber force field.&nbsp;It is easy to&nbsp;prepare the top and gro files of protein with amber force field, but how should I prepare the itp and gro files of small molecules &nbsp;with GAFF force field? I know the program ANTECHAMBER and tleap&nbsp;can generate the some molecule's topology and coordinate.&nbsp;Could someone give me some hints?&nbsp;Thanks very much&nbsp;in advance!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>--<BR>
<P align="left"><U>Best wishes,</U></P>
<P align="left"><U>Qinghua Liao</U></P>
<P align="left"><U>Ph.D student of Tianjin University, China</U></P></DIV>