Thank you David<br><br>A bientôt <br><br>SA<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Sun, 10 Apr 2011 11:17:15 +0200<br>
From: David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Different g_sas values between AMBER,  CHARMM<br>
        and     GROMOS ff for DPC<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4DA1759B.2000105@xray.bmc.uu.se">4DA1759B.2000105@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 2011-04-10 11.11, sa wrote:<br>
&gt; Thank you David,<br>
&gt;<br>
&gt; My micelle simulated with the GROMOS ff slightly differs (size and<br>
&gt; shape) from the two others micelles, so i expected that the values total<br>
&gt; SAS value slightly differ. In case of the headgroup, they are located in<br>
&gt; the micelle interface region, so the SAS in case of the micelle<br>
&gt; simulated with GROMOS should be not so different (36 % less) than the<br>
&gt; others micelles<br>
&gt;<br>
&gt; You said that &quot;In order for g_sas to work with gromos force field one<br>
&gt; would have to<br>
&gt; increase the radius of the carbon atoms. For the 54 atoms the default<br>
&gt; value will be used.&quot; How to do that ? and for all the carbon atoms<br>
&gt; (including the headgroup carbon atoms).<br>
edit vdwradii.dat.<br>
Then be careful to use an atom name that is specific for the FF such<br>
that your Amber and Charmm runs keep the correct value.<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you<br>
&gt;<br>
&gt; SA<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     On 2011-04-09 19.06, sa wrote:<br>
&gt;      &gt; Dear All,<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; I have simulated three DPC micelles with the same size (54<br>
&gt;     lipids) with<br>
&gt;      &gt; different force fields (CHARMM, AMBER et GROMOS53A6) and computed the<br>
&gt;      &gt; average accessible surface areas for each lipids with g_sas<br>
&gt;     (gmx4.5.3) I<br>
&gt;      &gt; obtain the three average values for total DPC, the headgroup<br>
&gt;      &gt; (phosphocholine) and the alkyl tail.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;            Total (A2)        Head          Tail<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; GROMOS53A6    158.4 ± 4.8     54.8 ± 3.4         103.2 ± 3.8<br>
&gt;      &gt; AMBER              248.2 ± 8.7     76.2 ± 5.1         172.5 ± 5.2<br>
&gt;      &gt; CHARMM           242.7 ± 7.7     70.4 ± 4.1          172.4 ± 4.8<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; As you can see the ASA values are close between the micelles<br>
&gt;     simulated<br>
&gt;      &gt; with the CHARMM and AMBER ff, but larger than the values obtained<br>
&gt;     from<br>
&gt;      &gt; the micelle simulated with GROMOS ff especially for the<br>
&gt;     headgroup. I am<br>
&gt;      &gt; aware that  CHARMM and AMBER are explicits ff whereas GROMOS is an<br>
&gt;      &gt; united ff  It is the reason I obtain a smaller values for GROMOS<br>
&gt;      &gt; compared to two others ones ?<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Does g_sas tool take into account this. I have also noted when I use<br>
&gt;      &gt; g_sas i obtain the following message<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; WARNING: masses and atomic (Van der Waals) radii will be determined<br>
&gt;      &gt;           based on residue and atom names. These numbers can deviate<br>
&gt;      &gt;           from the correct mass and radius of the atom type.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; WARNING: could not find a Van der Waals radius for 54 atoms<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; It is important ?<br>
&gt;<br>
&gt;     Given your observations above, don&#39;t you think it might be?<br>
&gt;     In order for g_sas to work with gromos force field one would have to<br>
&gt;     increase the radius of the carbon atoms. For the 54 atoms the default<br>
&gt;     value will be used.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; Thank you in advance for your advices.<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;      &gt; SA<br>
&gt;      &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     --<br>
&gt;     David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
&gt;     Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
&gt;     Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
&gt;     <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
&gt;     <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
--<br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 84, Issue 80<br>
*****************************************<br>
</font></blockquote><br></div><br>