I missed my Gromacs version. It&#39;s 4.0.7<br clear="all"><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 13, 2011 at 4:58 PM, Chandan Choudhury <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:iitdckc@gmail.com">iitdckc@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

Hello gmx-users !!<br><br>I tried using g_hbond tool to analyse h-bonds on my system. I could successfully execute the tool for two of my systems. But the third system should the memory problem. Below I have pasted my command and its output.<br>


 <br><i><b>$ g_hbond -s ../md0-20.tpr -f 40-50.trr -n index_2.ndx -num hbnum.xvg -dist hbdist.xvg -ang hbang.xvg -life hblife.xvg -nice 0 -xvgr<br></b><br clear="all">No option -sel<br>Reading file ../md0-20.tpr, VERSION 4.0.7 (single precision)<br>


Specify 2 groups to analyze:<br>Group     0 (      System) has 95687 elements<br>Group     1 (         HNP) has    10 elements<br>Group     2 (          PE) has   192 elements<br>Group     3 (          HP) has   216 elements<br>


Group     4 (         CPE) has     9 elements<br>Group     5 (         SOL) has 95235 elements<br>Group     6 (          Cl) has    25 elements<br>Group     7 (         N_H) has   126 elements<br>Select a group: 5<br>Selected 5: &#39;SOL&#39;<br>


Select a group: 7<br>Selected 7: &#39;N_H&#39;<br>Checking for overlap in atoms between SOL and N_H<br>Calculating hydrogen bonds between SOL (95235 atoms) and N_H (126 atoms)<br>Found 31795 donors and 31795 acceptors<br>


<br>-------------------------------------------------------<br>Program g_hbond, VERSION 4.0.7<br>Source code file: smalloc.c, line: 147<br><br>Fatal error:<br>Not enough memory. Failed to calloc 31795 elements of size 4 for hb-&gt;hbmap[i]<br>


(called from file gmx_hbond.c, line 186)<br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;I Solve Problems&quot; (Pulp Fiction)<br>: Cannot allocate memory<br>Making hbmap structure...</i><br><br><br>


Kindly help.<br><font color="#888888"><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
</font></blockquote></div><br>