Dear users,<br><br>pdb2gmx -f xxx.pdb<br>water:spc<br>forcefield:43a1<br>editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o box.gro<br>genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated.gro<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br>
<b>Fatal error:</b><br>number of coordinates in coordinate file (solvated.gro, 106523) does not match topology (topol.top, 106553)<br>I look at gmx-user search. But I dont be able to solved the problem. Then I look at conf.gro and box.gro. I recognised the there is not the TRS ligand in the box.gro file. What reason?<br>
<br>Thanks in advance<br><br><u><b>conf.gro:</b></u><br>MTA/SAH NUCLEOSIDASE; 5 NUCLEOSIDASE<br> 5354<br>    2GLN      N    1   1.458  -1.158   0.739<br>    2GLN     H1    2   1.520  -1.083   0.763<br>...<br>  485HOH    HW1 5333   0.221  -3.864  -2.291<br>
  485HOH    HW2 5334   0.303  -3.946  -2.407<br>    1EDO  OAB      1   0.625  -3.071  -0.171<br>    1EDO  HAA      2   0.698  -3.048  -0.107<br>    1EDO  CAA      3   0.596  -3.211  -0.163<br>    1EDO  CAC      4   0.486  -3.247  -0.261<br>
    1EDO  OAD      5   0.365  -3.179  -0.224<br>    1EDO  HAB      6   0.292  -3.203  -0.288<br>    1TRS  O1       1   1.825  -3.900   0.047<br>    1TRS  HAA      2   1.853  -3.860  -0.040<br>    1TRS  C1       3   1.712  -3.977   0.028<br>
    1TRS  C        4   1.659  -4.044   0.150<br>    1TRS  C3       5   1.576  -3.946   0.226<br>    1TRS  O3       6   1.634  -3.824   0.256<br>    1TRS  HAC      7   1.569  -3.768   0.307<br>    1TRS  N        8   1.582  -4.159   0.113<br>
    1TRS  HAE      9   1.547  -4.204   0.195<br>    1TRS  HAF     10   1.505  -4.131   0.056<br>    1TRS  HAD     11   1.639  -4.223   0.062<br>    1TRS  C2      12   1.776  -4.085   0.233<br>    1TRS  O2      13   1.887  -4.122   0.160<br>
    1TRS  HAB     14   1.961  -4.148   0.222<br>   8.13100   7.04165  13.54850   0.00000   0.00000  -4.06550   0.00000   0.00000   0.00000<br><br><br><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>