<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 14/04/2011 2:53 PM, Moeed wrote:
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTinqk=YUmCSawBSErw3pN6pFzFYWSQ@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On 13 April 2011 17:14, Mark Abraham <span
          dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div class="im">On 14/04/2011 4:36 AM, Moeed wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              Hello everyone,<br>
              <br>
              I have encountered a strange behavior while compressing a
              pure system.<br>
              <br>
              I am applying 100 bar pressure with PME and it turned out
              that this pressure leads to density of 20 SI. Changing PME
              to SHIFT compresses the system to density of above 600
              SI!! and I should add that PME and shift on my system give
              essentially identical results ( I mean all those
              properties listed in g_energy)<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Why are you changing units of pressure mid-sentence?</blockquote>
        <div><br>
          Thanks Mark. I am trying two different runs using shift and
          PME and use the same input files..just to see the difference
          between these two coulomb types..&nbsp; <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    For a hydrocarbon system, which is not strongly charged, it won't
    matter much.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:BANLkTinqk=YUmCSawBSErw3pN6pFzFYWSQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div class="gmail_quote">
        <div>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div class="im"><br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              Also, when I take a configuration from a run which is
              compressed to a higher density which is still off the
              desired density, applying a even higher pressure in the
              next run not only does not leads to further compression
              but causes the box expand to a much bigger size!<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          All this sounds so wildly unlikely that you must be
          mismatching files, or similar. Start from a fresh working
          directory and see what you can reproduce. Extraordinary claims
          require extraordinary evidence.<br>
          <br>
          Mark<br>
          <font color="#888888">
            -- <br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
      <div style="visibility: hidden; left: -5000px; position: absolute;
        z-index: 9999; padding: 0px; margin-left: 0px; margin-top: 0px;
        overflow: hidden; word-wrap: break-word; color: black;
        font-size: 10px; text-align: left; line-height: 130%;"
        id="avg_ls_inline_popup">
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>