<DIV>Dear Moeed,</DIV>
<DIV>&nbsp; You seem to be encountering same problem to mine, which was posted to this list, .titled "Unexpected results arising from T- and P-coupling methods". Some gmxers responded it. You can look for and see them. I wish they can be helpful to deal with your problem.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Chaofu Wu, Dr.</DIV>
<DIV><SIGN signid="0">
<DIV style="FONT-FAMILY: Arial Narrow; COLOR: #909090; FONT-SIZE: 12px">------------------</DIV>
<DIV style="FONT-FAMILY: Verdana; COLOR: #000; FONT-SIZE: 14px"></DIV></SIGN>Date: Wed, 13 Apr 2011 20:22:02 -0400<BR>From: Moeed &lt;<A href="mailto:lecielll@googlemail.com" target=_blank><FONT color=#1e5494>lecielll@goo<WBR>glemail.com</FONT></A>&gt;<BR>Subject: [gmx-users] NPT issue in 4.0.7 and 4.5.3<BR>To: <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target=_blank><FONT color=#1e5494>gmx-users@gr<WBR>omacs.org</FONT></A><BR>Message-ID: &lt;<A href="mailto:BANLkTimHFgwpUy6V5OGkAi_JBS2OzfwsQA@mail.gmail.com" target=_blank><FONT color=#1e5494>BANLkTimHFgw<WBR>pUy6V5OGkAi_<WBR>JBS2OzfwsQA@<WBR>mail.gmail.c<WBR>om</FONT></A>&gt;<BR>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<BR><BR>Hello,<BR><BR>I have run 2 ns simulations on a hydrocarbon system (initial density of ~ 2<BR>SI and box size is 15 nm), one with version 4.0.7 and the other trial using<BR>4.5.3. Both runs are almost equilibrated to 70 bar pressure but one is<BR>giving density of above 600SI (4.0.7) and the other density of around 15 SI<BR>(4.5.3). With 4.5.3 applying 100 bar pressure does not comrades the system<BR>either to the desired density. I need to study the system at different<BR>pressures from 1 to 70 bar, and I am wondering if the system can not be<BR>compressed with these ref_p values how can I keep the pressure fixed at P &lt;<BR>70 bar!?<BR><BR>Please help if you have any idea on why these two versions are giving<BR>inconsistent results and which one is reliable.<BR><BR>Thanks so much,<BR><BR><BR>4.0.7<BR><BR>Statistics over 250001 steps [* 1500.0001 thru 2000.0001 ps ],* 14 data sets<BR>The term 'Cons. rmsd ()' is averaged over 2501 frames<BR>All other averages are exact over 250001 steps<BR><BR>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp; &nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; Drift<BR>Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 36.9945 &nbsp; 0.806738 &nbsp; 0.804483&nbsp; 0.0521993<BR>0.208798<BR>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 9.04227 &nbsp; 0.376253 &nbsp; 0.371412&nbsp; 0.0521057<BR>0.208424<BR>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 5.23048 &nbsp; 0.119612 &nbsp; 0.119611 0.00033983<BR>0.00135933<BR>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; -1.66329 &nbsp; 0.104171 &nbsp; 0.102175&nbsp; 0.0175753<BR>0.0703015<BR>LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; -27.3967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; 0.0421934<BR>0.168774<BR>Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 8.98711 &nbsp; 0.163579&nbsp; &nbsp; 0.16062 -0.0268199<BR>-0.10728<BR>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 31.1944&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; 0.137594<BR>0.550377<BR>Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 51.1009 &nbsp; 0.987759 &nbsp; 0.987724 0.00725949<BR>0.0290381<BR>Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 82.2953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0 &nbsp; 0.144851<BR>0.579408<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 299.98&nbsp; &nbsp; 5.79849&nbsp; &nbsp; 5.79828 0.000340897<BR>0.170449<BR>*Pressure (bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 69.3587&nbsp; &nbsp; 414.279&nbsp; &nbsp; 414.256&nbsp; 0.0298385<BR>14.9193*<BR>Cons. rmsd ()&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 4.01744e-06 1.41883e-07 1.41883e-07<BR>0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0<BR>*Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 3.04882&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0 3.57512e-06<BR>0.00178757<BR>Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 3.04882&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0 3.57512e-*<BR><BR><BR>-----------------------------<BR>4.5.3.<BR><BR>[* 1500.0001 thru 2000.0001 ps ],*<BR><BR>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; Average &nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; RMSD&nbsp; Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 37.1357&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.071 &nbsp; 0.812307&nbsp; -0.099711<BR>(kJ/mol)<BR>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 9.17677&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.14 &nbsp; 0.445934&nbsp; -0.529281<BR>(kJ/mol)<BR>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 5.18878&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.0087 &nbsp; 0.137673 &nbsp; -0.03119<BR>(kJ/mol)<BR>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; -1.60372&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.051 &nbsp; 0.126405&nbsp; -0.144403<BR>(kJ/mol)<BR>LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; -4.24478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.29 &nbsp; 0.742141 &nbsp; 0.697187<BR>(kJ/mol)<BR>Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 8.97451&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.082 &nbsp; 0.198278 &nbsp; 0.232025<BR>(kJ/mol)<BR>Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 54.6272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.31&nbsp; &nbsp; 1.20733 &nbsp; 0.124627<BR>(kJ/mol)<BR>Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 51.1047&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.021&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.9945&nbsp; -0.066306<BR>(kJ/mol)<BR>Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 105.732&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.31&nbsp; &nbsp; 1.58869 &nbsp; 0.058321<BR>(kJ/mol)<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 300.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.12&nbsp; &nbsp; 5.83806&nbsp; -0.389239&nbsp; (K)<BR>*Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 66.734&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 5.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 91.83&nbsp; &nbsp; 11.5294&nbsp; (bar)<BR>*<BR>Constr. rmsd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 2.2661e-10&nbsp; &nbsp; 2.3e-10 3.58302e-08 -1.3595e-09&nbsp; ()<BR>*Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 11.0055&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.082 &nbsp; 0.175309&nbsp; -0.496198&nbsp; (nm)<BR>Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 11.0055&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.082 &nbsp; 0.175309&nbsp; -0.496198&nbsp; (nm)*<BR><BR><BR><BR><BR><BR><BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; xyz<BR><BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1000000<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR><BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; grid<BR><BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; Shift<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; Shift<BR>rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0<BR>rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR><BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; v-rescale<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; System<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300<BR><BR><BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1<BR>compressibility&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 4.5e-5 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 70<BR><BR><BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; yes<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR><BR><BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>constraint-algorithm = lincs<BR><BR></DIV>