Hi<div><br></div><div>I am thinking of a simulation set up, where I modify a structure/topology of a molecule under consideration, in which, I want to introduce a dummy atom/site which will always be located at center of mass of a molecule and it will only interact with dummy atom of other molecule.</div>
<div><br></div><div>I am not sure how to achieve this, will really appreciate any help in this regard.</div><div><br></div><div>thanks</div><div>sikandar</div>