<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

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  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 14/04/2011 10:22 AM, Moeed wrote:

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTimHFgwpUy6V5OGkAi_JBS2OzfwsQA@mail.gmail.com"

      type="cite">Hello,<br>

      <br>

      I have run 2 ns simulations on a hydrocarbon system (initial

      density of ~ 2 SI and box size is 15 nm), one with version 4.0.7

      and the other trial using 4.5.3. Both runs are almost equilibrated

      to 70 bar pressure but one is giving density of above 600SI

      (4.0.7) and the other density of around 15 SI (4.5.3). With 4.5.3

      applying 100 bar pressure does not comrades the system either to

      the desired density. I need to study the system at different

      pressures from 1 to 70 bar, and I am wondering if the system can

      not be compressed with these ref_p values how can I keep the

      pressure fixed at P &lt; 70 bar!? <br>

      <br>

      Please help if you have any idea on why these two versions are

      giving inconsistent results and which one is reliable.&nbsp; <br>

    </blockquote>

    <br>

    Why are your potential energies positive? What does the final

    configuration look like? Why aren't you doing a "simulated

    annealing" style of compression with small increments of delta-P?

    (These, coincidentally are even good data for your study...) Massive

    leaps in ensemble conditions are often poorly-conditioned for

    numerical integration. You're generating velocities that are only

    approximately correct, not giving them any chance to equilibrate,

    and then smashing the system with massive over-pressure. Small

    wonder it might sometimes break...<br>

    <br>

    When reporting output from .log file and g_energy, please either use

    plain text email, or switch to a non-proportional font like Courier.

    Those tables make it harder for people to help you than you want it

    to be.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:BANLkTimHFgwpUy6V5OGkAi_JBS2OzfwsQA@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      4.0.7 <br>

      <br>

      Statistics over 250001 steps [<b> 1500.0001 thru 2000.0001 ps ],</b>

      14 data sets<br>

      The term 'Cons. rmsd ()' is averaged over 2501 frames<br>

      All other averages are exact over 250001 steps<br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      Drift&nbsp; Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.9945&nbsp;&nbsp; 0.806738&nbsp;&nbsp; 0.804483&nbsp;

      0.0521993&nbsp;&nbsp; 0.208798<br>

      Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.04227&nbsp;&nbsp; 0.376253&nbsp;&nbsp; 0.371412&nbsp;

      0.0521057&nbsp;&nbsp; 0.208424<br>

      LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.23048&nbsp;&nbsp; 0.119612&nbsp;&nbsp; 0.119611

      0.00033983 0.00135933<br>

      Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.66329&nbsp;&nbsp; 0.104171&nbsp;&nbsp; 0.102175&nbsp;

      0.0175753&nbsp; 0.0703015<br>

      LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27.3967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;

      0.0421934&nbsp;&nbsp; 0.168774<br>

      Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.98711&nbsp;&nbsp; 0.163579&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16062

      -0.0268199&nbsp;&nbsp; -0.10728<br>

      Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31.1944&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

      0.137594&nbsp;&nbsp; 0.550377<br>

      Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.1009&nbsp;&nbsp; 0.987759&nbsp;&nbsp; 0.987724

      0.00725949&nbsp; 0.0290381<br>

      Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 82.2953&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;

      0.144851&nbsp;&nbsp; 0.579408<br>

      Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299.98&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.79849&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.79828

      0.000340897&nbsp;&nbsp; 0.170449<br>

      <b>Pressure (bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69.3587&nbsp;&nbsp;&nbsp; 414.279&nbsp;&nbsp;&nbsp; 414.256&nbsp;

        0.0298385&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.9193</b><br>

      Cons. rmsd ()&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.01744e-06 1.41883e-07

      1.41883e-07&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

      <b>Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.04882&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0

        3.57512e-06 0.00178757<br>

        Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.04882&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0

        3.57512e-</b><br>

      <br>

      <br>

      -----------------------------<br>

      4.5.3. <br>

      <br>

      [<b> 1500.0001 thru 2000.0001 ps ],</b><br>

      <br>

      Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp; Err.Est.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;

      Tot-Drift<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

      Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.1357&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.071&nbsp;&nbsp; 0.812307&nbsp;

      -0.099711&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.17677&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.14&nbsp;&nbsp; 0.445934&nbsp;

      -0.529281&nbsp; (kJ/mol)<br>

      LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.18878&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0087&nbsp;&nbsp; 0.137673&nbsp;&nbsp;

      -0.03119&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.60372&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.051&nbsp;&nbsp; 0.126405&nbsp;

      -0.144403&nbsp; (kJ/mol)<br>

      LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.24478&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.29&nbsp;&nbsp; 0.742141&nbsp;&nbsp;

      0.697187&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.97451&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.082&nbsp;&nbsp; 0.198278&nbsp;&nbsp;

      0.232025&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54.6272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.20733&nbsp;&nbsp;

      0.124627&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Kinetic En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51.1047&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.021&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9945&nbsp;

      -0.066306&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 105.732&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.31&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.58869&nbsp;&nbsp;

      0.058321&nbsp; (kJ/mol)<br>

      Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.83806&nbsp;

      -0.389239&nbsp; (K)<br>

      <b>Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.734&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91.83&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        11.5294&nbsp; (bar)</b><br>

      Constr. rmsd&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.2661e-10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.3e-10 3.58302e-08

      -1.3595e-09&nbsp; ()<br>

      <b>Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.0055&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.082&nbsp;&nbsp; 0.175309&nbsp;

        -0.496198&nbsp; (nm)<br>

        Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.0055&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.082&nbsp;&nbsp; 0.175309&nbsp;

        -0.496198&nbsp; (nm)</b><br>

      <br>

      <br>

      <br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; xyz<br>

      &nbsp; <br>

      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000000 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift<br>

      vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Shift&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2 &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; v-rescale&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; System&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br>

      tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      &nbsp;<br>

      <br>

      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>

      Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; =&nbsp; isotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      <br>

      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

      <br>

      <br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      constraint-algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>