<div>With all due respect, this is clearly a RT*M moment.</div>
<div> </div>
<div>* = F</div>
<div> </div>
<div>Joao Henriques</div>
<div> </div>
<div>On Fri, Apr 15, 2011 at 1:03 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br></div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote"><br><br>Monisha Hajra wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Hi Justin,<br><br>I am trying to follow the protocol only.<br> More than the Gromacs own website, I find <a href="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/md.html#production" target="_blank">http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/md.html#production</a> link is more useful.<br>
<br></blockquote><br>Clearly.  This is one of many tutorials linked from the site I posted before.<br><br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">However, I am stuck at one step which is mentioned :<br><a href="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/analysis.html" target="_blank">http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/analysis.html</a><br>
<br>I am not able to understand how to create traj.trr, traj.xtc and ener.edr file. Remaining all is self explained in the previous link.<br><br></blockquote><br>These files are output by mdrun, i.e. actually running a simulation.<br>
<br>-Justin<br><br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">Really appreciate any help.<br><br>Regards<br>Monisha<br><br><br>On Fri, Apr 15, 2011 at 8:06 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br><br><br>   Monisha Hajra wrote:<br><br>       Hi User,<br><br>       I have a protein which I have modeled by Homology modelling. The<br>       modeled protein has no water molecules in its surrounding<br>       environment.<br>
<br>       How should I add water molecule so that I can start the<br>       simulation process?<br><br><br>   Please refer to the abundant tutorial material on the website:<br><br>   <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials#General_GROMACS_Use" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials#General_GROMACS_Use</a><br>
   <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Steps_to_Perform_a_Simulation" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Steps_to_Perform_a_Simulation</a><br><br>   -Justin<br><br>       Regards<br>
       Monisha<br><br><br>   --     ========================================<br><br>   Justin A. Lemkul<br>   Ph.D. Candidate<br>   ICTAS Doctoral Scholar<br>   MILES-IGERT Trainee<br>   Department of Biochemistry<br>   Virginia Tech<br>
   Blacksburg, VA<br>   jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu/" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br>
   <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>   ========================================<br>   --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>   <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
   Please search the archive at<br>   <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>   Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
   interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>   &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
   Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br></blockquote><br>-- <br>========================================<br>
<br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><font color="#888888">-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></font></blockquote></div>