<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
    <title></title>
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 15/04/2011 12:42 AM, jim jack wrote:
    <blockquote cite="mid:919300.83112.qm@web35307.mail.mud.yahoo.com"
      type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">Dear GROMACS users,
              <br>
              <br>
              &nbsp;&nbsp; I am trying to simulate an SDS micelle in water. As
              simulation time goes by, the micelle approaches the edge
              of the box and consequently some of these molecules get in
              from the other side. This leads to incorrect radius of
              gyration, eccentricity, etc. A solution to this problem is
              the option <span style="font-style: italic;">trjconv -pbc
                cluste</span>r as described in the page <a
                moz-do-not-send="true" href="http://">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Micelle_Clustering</a>.
              In this case, the problem is that it takes a lot of time
              and a huge file (several GB) is created due to this
              procedure. Is there any other alternative?<br>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    Use fewer frames of your trajectory.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>