Dear GROMACS users,<br><br>  As another check, I simulated the hydration of Sodium ion. The results for the free energy change of un-charging the sodium ion with ffG43a1 force field parameter from q=+e to q=0 in SPC water are the following:<br>
<br>  363.3 +/- 2.4 kJ/mol    in   GROMACS 4.0.7<br>  404.7 +/- 1.9 kJ/mol    in   GROMACS 4.5.3<br>  405.2 +/- 2.0 kJ/mol    in   J. Phys. Chem. 1996, 100, 1206-1215,
Table 5<br><br>   Again there is difference between the results from 4.0.7 and 4.5.3.<br><br>   It seems that the problem might be related to the net charge of the system. In both cases of Cl- and Na+, the system contains 1 charged ion and certain number of water molecules. Is there any change of the GROMACS codes dealing with Coulomb interaction in free energy calculation from 4.0.7 to 4.5.3?<br>
<br>   Thanks!<br><br>     Yan<br><br><br>