Ok thanks<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 15, 2011 at 9:56 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Kavyashree M wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear gromacs users,<br>
<br>
While doing energy minimization for a protein (from pdb), with oplsaa force field<br>
and tip4p water model, there was an error and em stopped -<br>
<br>
Fatal error:<br>
A charge group moved too far between two domain decomposition steps<br>
This usually means that your system is not well equilibrated<br>
<br>
What is the correction for this?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Build a more reasonable starting structure.  Somewhere you have atomic overlap or otherwise unresolvable geometry such that you have atoms flying across the system, as the error message indicates (although somewhat obliquely).<br>

<br>
The screen/log output from mdrun should print where the high forces are, or which atoms are having constraint problems, etc.  Investigate these atoms in your starting structure and/or EM trajectory and determine an appropriate solution based on what you find.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanking you<br>
With regards<br>
kavya<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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</font></blockquote></div><br>