<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks for your instant reply, Justin.<br><br>Dear all,<br><br>Please correct me if I am woring here....but...reading through the user-list, I gathered that -vis option og g_energy oes not give good results and instead cos_accleration should be used from the following reference.<br><pre>&gt;<i>@Article{Hess2002b,<br></i>&gt;<i>   author =          {B. Hess},<br></i>&gt;<i>   title =          {Determining the shear viscosity of model liquids from <br></i>&gt;<i>molecular simulation},<br></i>&gt;<i>   journal =          {J. Chem. Phys.},<br></i>&gt;<i>   year =          2002,<br></i>&gt;<i>   volume =         116,<br></i>&gt;<i>   pages =         {209-217}<br></i>&gt;<i>}<br></i></pre>I am trying to get the results of viscosity through cos_acceleration that probably are formatted as below (taken from a user-list). <br><br><pre>&gt;<i> Energy                      Average   Err.Est.       RMSD 
 Tot-Drift<br></i>&gt;<i> -------------------------------------------------------------------------------<br></i>&gt;<i> 1/Viscosity                                        </i> (<i> s/kg)<br></i></pre><br>Thanks again,<br><br>SN<br><br>--- On <b>Sat, 4/16/11, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] 1/viscosity from g_energy<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Saturday, April 16, 2011, 3:06 PM<br><br><div class="plainMail"><br><br>shikha nangia wrote:<br>&gt; Dear gmx-users,<br>&gt; <br>&gt; I am trying to obtain 1/viscosity values for my system after using the cos_acceleration option in the mdp file. My gromacs version is 4.5.4 released on March 21, 2011. <br>&gt; When I try using the g_energy option for my
 file<br>&gt; <br>&gt; g_energy -f ener.edr -o outfile.xvg<br>&gt; <br>&gt; I get the following options<br>&gt; <br>&gt; End your selection with an empty line or a zero.<br>&gt; -------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp; Bond&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3&nbsp; Improper-Dih.&nbsp; &nbsp; 4&nbsp; LJ-(SR)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5&nbsp; Disper.-corr.&nbsp; &nbsp; 6&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp; Potential&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 8&nbsp; Kinetic-En.&nbsp; &nbsp; 9&nbsp; Total-Energy&nbsp; &nbsp; 10&nbsp; Conserved-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;11&nbsp; Temperature&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;12&nbsp; Pres.-DC&nbsp; &nbsp; &nbsp; 13&nbsp; Pressure&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14&nbsp; Box-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 15&nbsp; Box-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16&nbsp; Box-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; 17&nbsp; Box-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 18&nbsp; Box-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 19&nbsp; Box-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 20&nbsp; Volume&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 21&nbsp; Density&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;22&nbsp; pV&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 23&nbsp; Enthalpy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 24&nbsp; Vir-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 25&nbsp; Vir-XY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 26&nbsp; Vir-XZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 27&nbsp; Vir-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 28&nbsp; Vir-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 29&nbsp; Vir-YZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 30&nbsp; Vir-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 31&nbsp; Vir-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 32&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 33&nbsp; Pres-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;34&nbsp; Pres-XY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;35&nbsp; Pres-XZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;36&nbsp;
 Pres-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;37&nbsp; Pres-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;38&nbsp; Pres-YZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;39&nbsp; Pres-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp; Pres-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;41&nbsp; Pres-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;42&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp;&nbsp;43&nbsp; Mu-X&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 44&nbsp; Mu-Y&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 45&nbsp; Mu-Z&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 46&nbsp; T-System&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 47&nbsp; Lamb-System&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; I am not sure which option (1 to 47) gives 1/viscosity. I tried looking through the manual and searching the user list but could not resolve the issue.<br>&gt; <br>&gt; Please let me know what am I missing here.<br>&gt; <br><br>Use -vis rather than -o.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Thanks,<br>&gt; SN<br>&gt; <br>&gt; <br><br>--
 ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
 the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></blockquote></td></tr></table>