Dear users,<br><br>I am using gromacs 4.5.3. <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps"></span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">Initially </span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">I removed </span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">ligands</span><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps"></span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">from</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">pdb</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">file</span></span>. Then I started to simulation .<span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">I met</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">such</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">a</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">problem ( last error) after I added ions. </span></span><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">What</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">could be</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">the problem</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span><br>
pdb2gmx -f withoutligand_xxx.pdb<br>editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o box.gro<br>genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated.gro<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br><br><b>Fatal Error:</b><br>
System has non-zero total charge: -1.500000e+01<br><br>genion -s em.tpr -o solvated.gro -pname NA+ -np 15 -g em.log<br>select: Group 13 (SOL)<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br clear="all"><b>Fatal error:</b><br>
number of coordinates in coordinate file (solvated.gro, 106473) <br>does not match topology (topol.top, 106518)<br><br><u><b>topol.top:</b></u><br>..<br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein_chain_A     1<br>
Protein_chain_B     1<br>SOL                   185<br>SOL                   143<br>SOL                33723<br>NA                       15<br><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>