<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear Justin</DIV>
<DIV>thanks for your previous explanations.</DIV>
<DIV>We are running job with gromacs in parallel. after having the outpus of the first run, when submitting the jobs for the next 10ns we encounter with this error. can you help me to fix that. Pleas let me know the possible reasons to see this kind of error.</DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>Best wishes</DIV>
<DIV>D. Aghaie</DIV>
<DIV><BR><STRONG><FONT color=#0000bf>tarting mdrun '3840 water (TIP4P-2005) molecules'<BR>5000000 steps,&nbsp; 10000.0 ps.</FONT></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><FONT color=#0000bf>NOTE: Turning on dynamic load balancing</FONT></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><FONT color=#0000bf>[HPC-0-12.local:26592] *** An error occurred in MPI_Waitall<BR>[HPC-0-12.local:26592] *** on communicator MPI_COMM_WORLD<BR>[HPC-0-12.local:26592] *** MPI_ERR_TRUNCATE: message truncated<BR>[HPC-0-12.local:26592] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)<BR>--------------------------------------------------------------------------<BR>mpirun has exited due to process rank 2 with PID 26592 on<BR>node HPC-0-12 exiting without calling "finalize". This may<BR>have caused other processes in the application to be<BR>terminated by signals sent by mpirun (as reported here).<BR></FONT></STRONG>--- On <B>Sat, 4/16/11, Justin A. Lemkul <I>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</I></B> wrote:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid"><BR>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR>Subject: Re: [gmx-users] the ligand have more than one molecules<BR>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>Date: Saturday, April 16, 2011, 3:38 AM<BR><BR>
<DIV class=plainMail><BR><BR>ahmet yıldırım wrote:<BR>&gt; Dear users,<BR>&gt; <BR>&gt; Is there anyone has a tutorial of the ligand have more than one molecules?<BR><BR>Perhaps you can describe in more detail what it is you hope to accomplish.&nbsp; The procedure for dealing with multiple ligands is, in principle, no different from a single ligand.&nbsp; There are not tutorials available for every variation of a procedure.<BR><BR>-Justin<BR><BR>&gt; For example:<BR>&gt; *_topol.top:_*<BR>&gt; [ molecules ]<BR>&gt; ; Compound&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; #mols<BR>&gt; Protein_chain_A&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1<BR>&gt; Protein_chain_B&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1<BR>&gt; *ligandname&nbsp; *&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;3<BR>&gt; <BR>&gt; Thanks in advance<BR>&gt; -- Ahmet YILDIRIM<BR>&gt; <BR><BR>-- ========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>MILES-IGERT Trainee<BR>Department of
 Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR><A href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target=_blank>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</A><BR><BR>========================================<BR>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="http://us.mc1301.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <A href="http://us.mc1301.mail.yahoo.com/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org"
 ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></DIV></BLOCKQUOTE></td></tr></table>