<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Thanks again, Justin.<br><br>Dear all,<br><br>I figured out the problem. Error was in my mdp file options. I did not specify the acc-groups correctly. I can get 1/viscosity using g_energy.<br><br>However, once the acc-groups are specified, now the NEW issue is not being able to run my job correctly.<br><br>I get the following errors:<br><br>Step 376, time 7.52 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.006964, max 0.163855 (between atoms 861 and 859)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br><br>----<br>-------<br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.5.4<br>Source code file: domdec.c, line: 4124<br><br>Fatal error:<br>A charge group moved too far between two domain decomposition
 steps<br><br>---------------<br><br>I did not have any problems in my equilibrium simulations...this is happening in NEMD simulations.<br><br>Here is my .mdp file<br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Martini<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 500<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 10<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2500<br>xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>xtc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = <br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 1.7<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift <br>rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 15<br>vdw_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift <br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 EnerPres<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = V-rescale<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = NGL W<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 1.0 <br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300. 300.<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 1e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 <br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 473529<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = None<br>constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>unconstrained_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br><br>; Non-equilibrium MD
 stuff<br>acc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; NGL W<br>accelerate&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1 0 0 -0.1 0 0<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; <br>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp; <br>cos_acceleration&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 <br>deform&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; <br><br>Best,<br>SN<br><br>--- On <b>Sat, 4/16/11, Justin A. Lemkul <i>&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Subject: Re:
 [gmx-users] 1/viscosity from g_energy<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Saturday, April 16, 2011, 3:27 PM<br><br><div class="plainMail"><br><br>shikha nangia wrote:<br>&gt; Thanks for your instant reply, Justin.<br>&gt; <br>&gt; Dear all,<br>&gt; <br>&gt; Please correct me if I am woring here....but...reading through the user-list, I gathered that -vis option og g_energy oes not give good results and instead cos_accleration should be used from the following reference.<br>&gt; <br>&gt;&gt; /@Article{Hess2002b,<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;author = &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;{B. Hess},<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;title = &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;{Determining the shear viscosity of model liquids from /&gt;/molecular simulation},<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;journal = &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;{J. Chem. Phys.},<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;year =
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2002,<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;volume =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;116,<br>&gt; /&gt;/&nbsp;&nbsp;&nbsp;pages =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;{209-217}<br>&gt; /&gt;/}<br>&gt; /<br>&gt; <br>&gt; I am trying to get the results of viscosity through cos_acceleration that probably are formatted as below (taken from a user-list).<br>&gt; <br>&gt;&gt; / Energy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;Err.Est.&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;RMSD <br>&gt;&nbsp; Tot-Drift<br>&gt; /&gt;/ -------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; /&gt;/ 1/Viscosity&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; / (/ s/kg)<br>&gt; /<br>&gt; <br>&gt; <br><br>If the proper output options are not there, then there may have been a problem in the .mdp
 file that prevented the correct energy terms from being written.&nbsp; If present in the .edr file, it should be shown in the list (sorry, I was thinking of something else).&nbsp; Please post your .mdp file.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Thanks again,<br>&gt; <br>&gt; SN<br>&gt; <br>&gt; --- On *Sat, 4/16/11, Justin A. Lemkul /&lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;/* wrote:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;From: Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="/mc/compose?to=jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Subject: Re: [gmx-users] 1/viscosity from g_energy<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Date: Saturday, April 16, 2011, 3:06 PM<br>&gt;
 <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;shikha nangia wrote:<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; Dear gmx-users,<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; I am trying to obtain 1/viscosity values for my system after<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;using the cos_acceleration option in the mdp file. My gromacs<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;version is 4.5.4 released on March 21, 2011.<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; When I try using the g_energy option for my file<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; g_energy -f ener.edr -o outfile.xvg<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; I get the following options<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; End your selection with an empty line or a zero.<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; -------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp; Bond&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp; Angle&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 3&nbsp; Improper-Dih.&nbsp; &nbsp; 4&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;LJ-(SR)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 5&nbsp; Disper.-corr.&nbsp; &nbsp; 6&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;7&nbsp; Potential&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;8&nbsp; Kinetic-En.&nbsp; &nbsp; 9&nbsp; Total-Energy&nbsp; &nbsp; 10&nbsp; Conserved-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;11&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Temperature&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;12&nbsp; Pres.-DC&nbsp; &nbsp; &nbsp; 13&nbsp; Pressure&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14&nbsp; Box-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;15&nbsp; Box-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16&nbsp; Box-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 17&nbsp; Box-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 18&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Box-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 19&nbsp; Box-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 20&nbsp; Volume&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 21&nbsp; Density&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 22&nbsp; pV&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 23&nbsp; Enthalpy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 24&nbsp; Vir-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 25&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Vir-XY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 26&nbsp; Vir-XZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 27&nbsp; Vir-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 28&nbsp; Vir-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;29&nbsp; Vir-YZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 30&nbsp; Vir-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 31&nbsp; Vir-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;32&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 33&nbsp; Pres-XX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;34&nbsp; Pres-XY&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;35&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Pres-XZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;36&nbsp; Pres-YX&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;37&nbsp; Pres-YY&nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;38&nbsp; Pres-YZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 39&nbsp; Pres-ZX&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;40&nbsp; Pres-ZY&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;41&nbsp; Pres-ZZ&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;42&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;#Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp;&nbsp;43&nbsp; Mu-X&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 44&nbsp; Mu-Y&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 45&nbsp; Mu-Z&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;46&nbsp; T-System&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 47&nbsp; Lamb-System&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; I am not sure which option (1 to 47) gives 1/viscosity. I tried<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;looking through the manual and searching the user list but could not<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;resolve the issue.<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; Please let me know what am I missing here.<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;
 <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Use -vis rather than -o.<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;-Justin<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; Thanks,<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt; SN<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;-- ========================================<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Justin A. Lemkul<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Ph.D. Candidate<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;MILES-IGERT Trainee<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Department of Biochemistry<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Virginia Tech<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Blacksburg, VA<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt;
 <br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;========================================<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;/mc/compose?to=<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Please search the archive at<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt;&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;/mc/compose?to=<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
 target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
 target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></blockquote></td></tr></table>