problem solved:)<br><br>[ molecules ]<br>; Compound #mols<br>Protein_chain_A 1<br>Protein_chain_B 1<br>SOL 185<br>SOL 143<br>SOL <b>33708</b><br>NA <b>15</b><br>
<br><div class="gmail_quote">16 Nisan 2011 21:22 tarihinde ahmet yıldırım <span dir="ltr"><<a href="mailto:ahmedo047@gmail.com">ahmedo047@gmail.com</a>></span> yazdı:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear users,<br><br>I am using gromacs 4.5.3. <span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın"></span></span><span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">Initially </span></span><span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">I removed </span></span><span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">ligands</span><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın"></span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">from</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">pdb</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">file</span></span>. Then I started to simulation .<span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">I met</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">such</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">a</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">problem ( last error) after I added ions. </span></span><span lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">What</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">could be</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">the problem</span><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span><br>
pdb2gmx -f withoutligand_xxx.pdb<br>editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o box.gro<br>genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated.gro<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br><br><b>Fatal Error:</b><br>
System has non-zero total charge: -1.500000e+01<br><br>genion -s em.tpr -o solvated.gro -pname NA+ -np 15 -g em.log<br>select: Group 13 (SOL)<br>grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr<br clear="all"><b>Fatal error:</b><br>
number of coordinates in coordinate file (solvated.gro, 106473) <br>does not match topology (topol.top, 106518)<br><br><u><b>topol.top:</b></u><br>..<br>[ molecules ]<br>; Compound #mols<br>Protein_chain_A 1<br>
Protein_chain_B 1<br>SOL 185<br>SOL 143<br>SOL 33723<br>NA 15<br><font color="#888888"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>