Dear Justin,<br><br>I have 6 EDO and 1 TRS ligans. I created coordinate and .itp files for each EDO molecule using prodrg web server. I am adding coordinates of each EDO molecule into a file called conf.gro. The conf.gro file is obtained from without_EDO_TRS. pdb ( there is not ligands). is this procedure correct?<br>
<br><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">I do not know</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">what to do</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">about</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">EDO.itp because </span></span><span id="result_box" class="" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">.itp</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">files</span> obtained <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">from the prodrg web server</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">are the same</span></span>. <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">How can I</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">create</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">one</span> .itp <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">file</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">for</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">all the</span> <span title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın" class="hps">EDO molecules</span><span class="" title="Alternatif çevirileri görmek için tıklayın">?</span></span><br>
<br>Thanks<br><br><br><div class="gmail_quote">16 Nisan 2011 02:08 tarihinde Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> yazdı:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
ahmet yıldırım wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear users,<br>
<br>
Is there anyone has a tutorial of the ligand have more than one molecules?<br>
</blockquote>
<br></div>
Perhaps you can describe in more detail what it is you hope to accomplish.  The procedure for dealing with multiple ligands is, in principle, no different from a single ligand.  There are not tutorials available for every variation of a procedure.<br>

<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
For example:<br>
*_topol.top:_*<br>
[ molecules ]<br>
; Compound        #mols<br>
Protein_chain_A     1<br>
Protein_chain_B     1<br>
*ligandname  *         3<br>
<br>
Thanks in advance<br>
-- <br>
Ahmet YILDIRIM<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>