<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div>Okay, thank you.</div><div><br></div><div>Majid</div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sun, April 17, 2011 12:28:47 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] genbox output taking forever to complete<br></font><br>
<br><br>majid hasan wrote:<br>&gt; Okay, so here is an output attached, for cubic box of length 10.<br>&gt; <br>&gt; Actually, the carbon atoms are all placed at&nbsp;  0&lt;x&lt;4,&nbsp; 0 &lt;y&lt; 2.5,&nbsp;  0&lt;z&lt;3.5. While solvent and DNA atoms are in the region&nbsp; &nbsp;  4&lt;x,y,z&lt;6. So <br><br>Then your box size is overkill.&nbsp; All you're going to end up doing is adding tens of thousands of waters that do not serve any purpose for most applications. There is (in general) no need for a 4-nm buffer around your system.&nbsp; Take your unsolvated coordinate file and run editconf -d 1 to obtain a more suitable box before trying genbox again.<br><br>&gt; only DNA is solvated, while CNT is just lying outside. Though I might have placed solvent in a cube of length 10 (using: editconf -f spc216.pdb -o spc216.gro -box 10 10 10), could this be the reason?<br>&gt; <br><br>Yes, as I said before - do not adjust the box of spc216.gro.&nbsp; The
 genbox program takes the input solvent configuration (unmodified, please!) and tiles it across the box defined in the -cp configuration such that it fills the box.&nbsp; If you make a solvent box with a bunch of empty space just to "fit" in your existing box, you accomplish nothing at all and genbox will probably chew up a lot of memory trying to make this exact fit.<br><br>&gt; I am at the moment trying to solvate the whole system (in a cubic box of 20) without specifying -box in editconf -o spc216.gro, but this is taking long, its running for about half an hour&nbsp; after reaching this point: Reading solvent configuration "Quotation" Solvent configuration contains 648 atoms in 216 residues. Is that much time normal, I am running it on my laptop, which is 2GB Ram, and Dual Core ~1.4GHz processor?<br><br>That is an enormous box that will require a large amount of memory to accomplish.&nbsp; Before trying to get a huge box to work, make sure you can do
 something more "normal" as I suggest above.&nbsp; You haven't stated your overall purpose, but for only a very few particular tasks would you ever require a system this large for components as small as the ones you're dealing with.<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><span><a target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><span><a target="_blank"
 href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><span>Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br></div></div><div style="position:fixed"></div>


</div></body></html>