Hi<div><br></div><div>When we define energy group exclusions e.g. like in manual <span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; font-family: Helvetica; ">energygrp excl = Protein Protein SOL SOL </span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica">and do md rerun, then only non-bonded interactions between Protein and SOL are computed. I am wondering what happens to bonded interactions within the protein, do they contribute to energies even though we have excluded protein-protein interactions?</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica">thanks</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Helvetica">sikandar</font></div><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<title></title>
<meta name="Generator" content="Cocoa HTML Writer">
<meta name="CocoaVersion" content="949.54">
<style type="text/css">
p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Helvetica}
</style>